计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助gromacs模拟蛋白配体复合物时加不上电荷问题

求助gromacs模拟蛋白配体复合物时加不上电荷问题

查看数: 1079 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

LY123

发布时间: 2023-5-4 20:02

正文摘要:

求助：我在使用gromacs模拟蛋白配体复合物时，在添加离子一步使用命令：gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral 后出现，No ions to add will just copy ...

回复 Reply

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-5-4 21:24:20

你输入的指令是添加NA和CL直到体系为电中性，如果体系原本就是电中性，那就不会添加。可以加上-conc 0.15，意思是离子浓度为0.15 mol/L

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register