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高分子盒子导出成mol2时报错无法保存穿越盒子的键，及sobtop如何生成周期性

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absminfi

发布时间: 2023-5-5 01:27

正文摘要:

本帖最后由 absminfi 于 2023-5-5 11:31 编辑首先是在MS中绘制的盒子，提示：The mol2 exporter does not support bonds that extend beyond the asymmetric unit (function/property "Export") 第一次遇到 ...

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zzvion 发表于 Post on 2025-3-3 23:37:18

slxc920113 发表于 2025-3-3 20:37
大体系也是小体系组装起来的，没必要一次性创建。

收到谢谢老师，我是催化剂的结构原子太多了，分子筛材料，根据周期性已经建好了，谢谢老师回复

slxc920113 发表于 Post on 2025-3-3 20:37:50

zzvion 发表于 2025-3-2 19:06
老师你好，我想请教一下要是超过1000原子是不是就不能用autoff添加力场了，还有什么其他方式吗

大体系也是小体系组装起来的，没必要一次性创建。

zzvion 发表于 Post on 2025-3-2 19:06:58

slxc920113 发表于 2023-5-5 17:52
导出为cif文件，然后用GaussView打开，保存为mol2文件，再按照sobtop教程添加晶胞信息。

或者用我写的Au ...

老师你好，我想请教一下要是超过1000原子是不是就不能用autoff添加力场了，还有什么其他方式吗

wcoolit 发表于 Post on 2023-12-20 15:15:38

楼主解决了吗

sobereva 发表于 Post on 2023-5-6 06:48:45

如果你的盒子里是多个分子，应当用sobtop对每种分子单独产生拓扑文件，而不是拿整个盒子当输入文件

sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的教程弄周期性体系的例子，都是对于无限延展的MOF、石墨烯等完全共价键连接的跨周期体系而言的

怎么在产生拓扑文件时考虑周期性，主页上的例子都说得极其明确，要么用pdb文件并且里面加入CRYST1定义晶胞，要么在mol2文件里手动添加晶胞信息

此例用的结构文件是examples\diamond_3x3x3\diamond_3x3x3.pdb，是Multiwfn基于金刚石原胞构造出的3*3*3超胞的pdb文件，注意此文件开头的CRYST1字段定义了此超胞的盒子信息，这个信息必须有，否则Sobtop没法根据坐标判断出跨盒子的键。

(2)在mol2文件里写入晶胞信息，使得sobtop把此体系视为周期性体系。在mol2文件末尾加入一行@<TRIPOS>CRYSIN，在下一行写晶胞的a、b、c三个边长（埃）以及alpha、beta、gamma夹角（度），每个值之间以逗号分隔。例如：
@<TRIPOS>CRYSIN
3.785,3.785,9.514,90,90,90

一定要把sobtop主页的信息读完整

slxc920113 发表于 Post on 2023-5-5 17:52:31

导出为cif文件，然后用GaussView打开，保存为mol2文件，再按照sobtop教程添加晶胞信息。

或者用我写的AuToFF工具，操作更加傻瓜一点，就是在MOF/COF模块内，直接上传cif文件，然后选择GAFF或者OPLS力场，识别完原子类型之后用QEq电荷将就一下。
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

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