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求助：packmol堆积原子

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wuxiaofei

发布时间: 2023-5-9 11:12

正文摘要:

本帖最后由 wuxiaofei 于 2023-5-9 11:45 编辑我想建立类似第二张图片的模型，但是我用packmol堆积之后看到的图片是第一张的样子，他怎么能让左右两边的晶胞没有角度平行于中间的水分子盒子，还有就是怎么将左边 ...

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wuxiaofei 发表于 Post on 2023-5-14 11:35:44

superbaba 发表于 2023-5-9 14:17
用fixed命令慢慢调

好的，谢谢

wuxiaofei 发表于 Post on 2023-5-14 11:35:13

sobereva 发表于 2023-5-9 22:45
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-1254 ...

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-5-9 22:45:38

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

用fixed直接指定板出现的位置和角度，避免随机旋转。并且确保提供的板的结构文件里体系是平行于笛卡尔平面的。一侧板的fixed要求不旋转，另一侧板的fixed要求旋转180度。

superbaba 发表于 Post on 2023-5-9 14:17:35

用fixed命令慢慢调

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