求助：蛋白-多肽动力学模拟后使用rms计算RMSD的第0帧距离不是0怎么解决？

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发布时间: 2023-5-9 11:28

本帖最后由 wangjy9722 于 2023-5-9 22:43 编辑我在进行蛋白-多肽动力学模拟的后，使用下面的代码对轨迹文件进行处理，然后对处理后的文件进行RMSD计算，代码如下： gmx trjconv -f protein_md.xtc -o protein_ ...

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wangjy9722 发表于 Post on 2023-5-11 22:38:04

sobereva 发表于 2023-5-9 22:44
这叫命令，不叫代码

尝试对没用-pbc nojump的计算RMSD看什么情况。也可以用VMD计算RMSD曲线

谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2023-5-9 22:44:00

这叫命令，不叫代码

尝试对没用-pbc nojump的计算RMSD看什么情况。也可以用VMD计算RMSD曲线

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