之所以在z轴发生变化，是因为z轴有deform且compressibility为0，compressibility为0那变形后控压就不会去压他吧？
同理，x，y没变化，是因为他们无deform且compressibility为0，compressibility为0控压就不会去压他吧？
至于形态发生剪切就好解释吧，是因为他们无deform且compressibility不为0，compressibility不为0控压就会去切他吧？
我是这样理解的，不知道对不对，希望大家指正。总体而言，手册意思是先给一个deform，变形之后，压浴根据compressibility缩放相应指标使得体系向相应压强平衡态发展，尽管deform是非平衡态。
手册Deformation can be used together with semiisotropic or anisotropic pressure coupling when the appropriate compressibilities are set to zero. The diagonal elements can be used to strain a solid. The off-diagonal elements can be used to shear a solid or a liquid.
For systems with interfaces, semi-isotropic scaling can be useful. In this case, the 𝑥/𝑦-directions are scaled isotropically and the 𝑧 direction is scaled independently. The compressibility in the 𝑥/𝑦 or 𝑧-direction can be set to zero, to scale only in the other direction(s).
anisotropic Same as before, but 6 values are needed for xx, yy, zz, xy/yx, xz/zx and yz/zy components, respectively. When the off-diagonal compressibilities are set to zero, a rectangular box will stay rectangular.
关于pullcode的When the distance between two groups is changed continuously, work is applied to the system, which means that the system is no longer in equilibrium. Although in the limit of very slow pulling the system is again in equilibrium, for many systems this limit is not reachable within reasonable computational time. However, one can use the Jarzynski relation 135 (page 516) to obtain the equilibrium free-energy difference ∆𝐺 between two distances from many non-equilibrium simulations:

foging 发表于 2024-3-11 02:12
你好，为什么ref_p = 1 1 -100,这个-100是怎么来的？

我个人设置的解析条件…z方向施加100atm的拉力。

beibei319 发表于 2023-5-23 15:04
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你好，为什么ref_p = 1 1 -100,这个-100是怎么来的？

你好，我能问一下是怎么判断这个体系达到了弛豫平衡了吗？

图片里这两行就是涉及拉伸率以及压力的参数。六个数据前三个是正应力，后三个是剪切力。对比你的mdp文件，压缩率一栏仅剪切方向设置了参数【compressibility = 0 0 0 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5】可以考虑把这行代码改为compressibility = 4.5e-5。
我给的mdp文件是做蠕变时的mdp文件，没有使用deform，考虑到蠕变解析是单轴恒定应力，因此如图片所示，x,y轴设置为大气压，z轴设置100bar的拉力。
做拉伸解析时我用了deform，你的代码按warning提示改正后应该可以正常运行，即compressibility = 4.5e-5，改用PR压浴。（PR压浴虽会产生震荡，但如果模拟能正常进行，结果也合理的情况下可以无视震荡）

beibei319 发表于 2023-5-23 15:04
为什么要设置剪切应力呀？一般设置x，y，z正应力就好了吧。以及提示用Parrinello-Rahman压浴就改成Parrinel ...

感谢您提供的mdp参数。
1. 剪应力其实不是我要设置的，sob老师建议我使用deform功能对盒子进行整体的压缩或者拉伸，而在设置deform的mdp时，我参考了GROMACS论坛上的一个帖子，发帖人和我一样并不清楚相关控压参数是如何对盒子产生作用的，我把他的参数拿过来修改了一下，在忽略grompp的提醒之后，是可以拉伸的。当然，每次grompp都会有与剪应力相关的一条提醒，我一直也不理解到底是哪部分参数导致的，只能先保证模拟不报错。
2. sob老师课上也确实是讲了Berendsen压浴用于体系构建，平衡之后使用PR压浴，我在做拉伸或者蠕变时使用的初始模型就是用PR压浴在某个温度下平衡过的。但是，考虑到deform功能会导致体系内部压力出现剧烈变化，而PR压浴容易产生震荡，所以才会考虑用Berendsen。
3. 不知道您有没有做过拉伸或者压缩盒子的模拟，有没有相关的mdp参数，是不是方便供我参考一下，非常感谢！

为什么要设置剪切应力呀？一般设置x，y，z正应力就好了吧。以及提示用Parrinello-Rahman压浴就改成Parrinello-Rahman呗（Berendsen压浴多用于最初体系建立时，系统平衡后多用Parrinello-Rahman来模拟）
贴的图片是我做蠕变的时用的npt文件，希望能给你帮助

@sobereva  麻烦老师了！