sobereva 发表于 2023-5-20 17:18 好的，感谢老师的回复 |
dengyh 发表于 2023-5-18 20:06 1 如果底物分子之间没明显相互影响就可以 2 晶体里有没有水是你自己知道的 3 语义不明。分清楚关键词、命令、代码。自己编程序才有代码一说 强烈建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）从头系统学一遍GROMACS，否则根本没法做 4 同上，必须系统学一遍，这些东西在培训班里全都非常详细讲了 |
sobereva 发表于 2023-5-17 16:50 老师，你好，我的计算体系是含W、Cu(I)、S、C、H、O、N的四面体配合物笼晶体结构，共468个原子，结构中笼外有无序的8个PF6离子被删除，则四面体笼自身显＋8电荷，结构已在ORCA5.0.3软件上BLYP-D3／def2-SVP水平优化了，现在想用GROMACS2020.3软件进行分子动力学，计算平台为Windows10、8375C、256G双处理器，最近正在学习老师你写的《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》http://sobereva.com/635，导出所需要的itp，gro，top文件，还有你提供的参考的md.mdp文件，想研究的是两个有机底物分子在四面体笼从外到内，再到结合位点，发生反应后产物释放在笼外的过程。如果有相关的博文恳请老师你分享，谢谢 想请教你的问题是 1.预测四面体笼应该与四个底物分子结合，其中它们的化学环境基本相同，可以建一个底物分子代表研究吗 2.在跑动力学时，对于这样的体系应该建立多大的格子，需要加water模型吗，溶剂需要加吗 3.跑动力学时应该输入哪些代码，根据你上面博文中的章节4测试拓扑文件合理性进行运行吗，我看就两行代码，我看GROMACS中文教程中关于蛋白质分子的动力学计算非常多的输入代码，我应该参照怎样的步骤来操作呢，第一次用这个软件，恳求老师的指点 4.跑动力学过程中应该监测哪些指标参数，知道的是可以用VMD监测，知道可以打开gro，pdb文件，但不知道打开哪个文件，计算完后应该用哪个文件进行后绪的相互作用、能量分解研究 非常谢谢sob老师一直来在理论计算方面的帮助，祝你身体健康，万事顺利 |
sobereva 发表于 2023-5-17 16:50 好的，老师，我认真看一下 |
dengyh 发表于 2023-5-17 13:49 先把你跑的体系特征交代清楚 仔细看 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html） |
sobereva 发表于 2023-5-10 22:00 sob老师好，我是第一次接触GROMACS，你有类似的这种计算研究或博文吗，谢谢老师你的指导和分享 想请教你几个问题 1.建立模型是基于晶体结构吗，是超胞形式还是单个四面体分子？ 2.最初的模型是需要用其它计算软件初优化吗，与底物分子作用的结构也是初猜一个结构，然后优化，在进行动力学计算吗 3.模拟底物或产物与四面体笼的作用时，我的反应位点可能是四个顶点，那么建模时只建一个研究可以吗 4.反应是在异丙醇中，计算时也用water模型吗 5.输入文件建好后，怎么调用进行分子动力学，中间过程可以查看模拟过程吗 |
sobereva 发表于 2023-5-10 22:00 好的，感谢sob老师，发文章多引您的文章 |
dengyh 发表于 2023-5-10 18:21 可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生周期性体系的拓扑文件，网页里有例子和讨论可参考。基于晶体结构 |
sobereva 发表于 2023-5-10 16:14 好的，谢谢sob老师 再问一下老师您，在建立拓扑文件时是基于什么文件建立的，晶体结构吗，我的这个笼是+8电荷的，外围还有无序的阴离子被删除了 |
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通过扩散进入/离开过程可以跑经典力场的分子动力学，GROMACS就可以，拓扑文件可借助sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生 结合状态的相互作用，可以用量子化学程序算相互作用能、能量分解，以及通过Multiwfn做非常丰富的分析阐述本质 Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 http://sobereva.com/252 |
七尺贱 发表于 2023-5-10 15:10 问一下用什么软件可以跑，有原子数限制吗，有相关的博文链接吗，分享一下，谢谢 |
| 貌似需要跑分子动力学？ |
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