多聚体蛋白模拟问题

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发布时间: 2023-5-10 15:19

卢老师您好，我有个问题想咨询您，我在做同源多聚体复合物的gromacs模拟，使用的是charmm-gui网站构建所需的模拟文件，它有如下错误提示。如果去掉多余的同源loop，只保留一条loop与配体，它就能顺利通过charmm-gui ...

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QQ137670675 发表于 Post on 2023-5-12 09:57:14

好的卢老师，我试试看用pdb2gmx

sobereva 发表于 Post on 2023-5-10 16:28:26

自己用pdb2gmx产生蛋白质的拓扑文件以及sobtop等工具产生配体的拓扑文件，这是标准做法。我从来不用charmm-gui

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