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求助Amber跑高斯加速的LiGaMD（Ligand Gaussian Accelerated MD）的问题

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小蒜泥

发布时间: 2023-5-11 12:06

正文摘要:

本帖最后由小蒜泥于 2023-5-11 14:02 编辑各位大侠，我想请教一个用Amber做 LiGaMD (Ligand Gaussian Accelerated MD) 的问题，我看到网页教程 (http://miaolab.org/GaMD/manual.html) 上说分为 ...

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elfen 发表于 Post on 2024-9-16 15:52:27

本帖最后由 elfen 于 2024-9-16 15:53 编辑

你运行job2的时候，gamd-restart.dat文件在当前目录下吗，它记录了加速参数，如果没有的话后面那几列应该就是0，我遇到过一次类似的

student0618 发表于 Post on 2024-6-20 17:39:03

I also tried GaMD in my research, I found that the developer has moved the tutorial to another site around the end of 2023.
In case anyone here need it, the latest GaMD tutorial website (for Amber) is https://www.med.unc.edu/pharm/miaolab/resources/gamd/tutorial/

lulu_we 发表于 Post on 2023-10-11 09:46:02

同求楼主分享一份教程PDF，想学GaMD但又打不开教程网站

Lyueyang2020 发表于 Post on 2023-9-9 09:15:38

非常感谢您的分享，目前正在初步学习中，但是没找到完整的高斯加速动力学教程，您放置的链接我打不开，您方便分享一下教程pdf版本吗，万分感谢！
目前根据以下链接（https://blog.csdn.net/yuyuyu1014/article/details/121968270）初步尝试做了一下，vmd显示蛋白结构(升温阶段乃至生产阶段）不太清楚是哪里出现问题，如有指点不胜感激。

202309090915337987..png (93.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

Jiao 发表于 Post on 2023-6-22 15:03:06

您好，请问解决了麽？我也遇到了相同的问题

小蒜泥 发表于 Post on 2023-5-12 11:04:38

rpestana94 发表于 2023-5-12 00:04
You can ask directly to the developers sending an email to:

好的老师，我问一下，谢谢！

rpestana94 发表于 Post on 2023-5-12 00:04:16

You can ask directly to the developers sending an email to: gamd-discuss@lists.sourceforge.net

小蒜泥 发表于 Post on 2023-5-11 14:06:03

sobereva 发表于 2023-5-11 12:27
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思sob老师，之前没注意到这个问题，刚才重新编辑了原帖，下次注意，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-5-11 12:27:40

小蒜泥发表于 2023-5-11 12:12
不好意思各位，刚才 job1-gamd.log和 job2-gamd.log文件没有上传成功，我分别截一下图，附在这里，谢谢！

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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