求助：模拟中得到的构象如何在下一次模拟中保持稳定结合

查看数: 1017 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-5-12 16:55

本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-12 17:05 编辑前面放了两条链以及两个配体在水体系下进行模拟，通过计算得到了自由能较低的一帧构象，该构象为两条主体夹着一个配体，通过氢键结合，我希望拿这个构象去放到另一 ...

回复 Reply

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-13 17:31:09

sobereva 发表于 2023-5-13 16:11
看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行，借助gmx genrestr也行

感谢sob老师

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-13 17:30:35

萌新杨同学发表于 2023-5-13 13:54
对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

感谢感谢

sobereva 发表于 Post on 2023-5-13 16:11:41

sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行，借助gmx genrestr也行

萌新杨同学 发表于 Post on 2023-5-13 13:54:01

sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-13 11:22:18

sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合 ...

sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-12 18:31:10

sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合 ...

但实际上第一次模拟的得到的构象在水体系下也只维持了100帧不到，没有办法让这个构象的三个分子稳定结合在盒子中心吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-5-12 18:04:49

一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合区域加上限制势模拟一段时间，然后再把限制势放开继续跑（续跑时候读取之前模拟最后的状态）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register