MOFs的小奴隶 发表于 2023-5-15 13:51
老师，这是文献中给出的参数，具备这些参数就可以在MS里构建虚原子的水模型吗？

可以了，手动把这些参数写到off文件里面。比如你要用cvff力场的话，就把这些写cvff.off里面，按照off的标准格式（ms的help里面有说明）。不过我是不建议用forcite,gmx方便太多了

chenzhe 发表于 2023-5-14 15:23
能，就是挺麻烦。forcite弄含虚原子的模型很麻烦。其实有参数就能弄，手动编辑ms的off力场文件，把需要tip4 ...

感谢老师回复，老师的意思就是只要有相关参数其实就是能做的是吗？因为我们组，甚至我们院都没人做过计算，我从研一入学自己摸索到现在，并且老师只让我学习了MS，可能是因为我们学院有买MS的版权，不知可否向老师您加一个联系方式。

能，就是挺麻烦。forcite弄含虚原子的模型很麻烦。其实有参数就能弄，手动编辑ms的off力场文件，把需要tip4p的参数加进去，虚原子的参数也要写到off里面，然后计算时候手动分配力场类型。远不如gromacs等方便

我不怎么用M$，但如果你没找到任何一篇文章在M$里用四点水模型的话，说明M$根本就不可能支持四点水模型。四点水模型牵扯到虚拟点，需要程序的专门支持
用GROMACS跑这种体系极其理想。小分子和MOF部分都能用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，各种主流水模型都能在GROMACS里用（TIP4P/2005并没什么优点，不如用固定电荷的四点水模型里最好的OPC）。北京科音分子动力学与GROMACS培训班里也都详细讲了在GROMACS中四点水模型的使用、全面讲解了各种水模型的特点和差异。