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柔性PES出现两个局域能量最高点,使用opt=ts寻找过渡态,虚频均不对应反应坐标方向

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发布时间: 2023-5-15 10:44

正文摘要:

本帖最后由 吸血的蚊子 于 2023-5-16 14:45 编辑 各位老师好,我使用gaussian计算三乙胺夺取乙硒醇的质子的自由能垒,首先需要找到过渡态。寻找过渡态的过程如下:首先分别优化质子转移前后的化合物结构,然后以N ...

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吸血的蚊子 发表于 Post on 2023-5-17 18:50:50
Huschein 发表于 2023-5-17 14:38
质子转移出现双峰个人也遇到过,我个人认为,首先质子在H-A状态时H-A键长变长,H和B接近,这时候斥力会增大 ...

好的,谢谢。
Huschein 发表于 Post on 2023-5-17 14:38:52
质子转移出现双峰个人也遇到过,我个人认为,首先质子在H-A状态时H-A键长变长,H和B接近,这时候斥力会增大,这是时候你会到第一个峰,这个峰主要来自于“解离”,我个人的想法;随后能量下降,H-A几乎断裂,H-B快要生成,这个时候就是“成键”能量还会发生一个上升,以上所有理解都是基于我个人经验和理解,看看就好了。所以你自己看一下双峰,你认为哪个峰是比较大的,然后以那个为过渡态初始构象去搜
Huschein 发表于 Post on 2023-5-17 14:38:49
质子转移出现双峰个人也遇到过,我个人认为,首先质子在H-A状态时H-A键长变长,H和B接近,这时候斥力会增大,这是时候你会到第一个峰,这个峰主要来自于“解离”,我个人的想法;随后能量下降,H-A几乎断裂,H-B快要生成,这个时候就是“成键”能量还会发生一个上升,以上所有理解都是基于我个人经验和理解,看看就好了。所以你自己看一下双峰,你认为哪个峰是比较大的,然后以那个为过渡态初始构象去搜
吸血的蚊子 发表于 Post on 2023-5-16 15:01:21
Huschein 发表于 2023-5-16 11:07
1.首先你能不能写一段话放一张图,我看一眼你发的话要下去找对应的图
2.PE3又是什么东西,你全文没有提及
...

1.谢谢同学的建议,我已经做了修改,你的建议确实便于阅读
2.应是PES3,第三次柔性扫描的曲线图,是我打错了
3.因为我化学直觉不太好,所以根据sob老师博文的建议,使用柔性扫描得到过渡态的初猜结构,然后再使用关键词opt=TS进行过渡态搜索

关于你说的“你自己扫到一个差不多的位置做限制性优化,然后再去搜过渡态好了”,我不太理解。柔性扫描不就相当于限制性优化?我的做法不正是做一个限制性优化,然后去搜过渡态?
还是同学你说的限制性优化和柔性扫描不同,因为“柔性扫描相当于对每一个扫描点结构中的非扫描变量做限制性优化”。
Huschein 发表于 Post on 2023-5-16 11:07:51
1.首先你能不能写一段话放一张图,我看一眼你发的话要下去找对应的图
2.PE3又是什么东西,你全文没有提及
3.你这什么操作柔性扫描又TS又柔性扫描再TS?
你自己扫到一个差不多的位置做一个限制性优化,然后再去搜过渡态就好了

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