本帖最后由 lyj714 于 2023-5-16 14:33 编辑 什么乱七八糟的问题。你要做的就是确定两点: 第一,你输入文件到底什么名字,从第一张图看出是lammps轨迹,名称system.lammpstrj,所以你后面用system.xyz是几个意思。 第二,你当前vmd工作路径到底在哪,这个直接终端输入pwd肯定可以显示具体的绝对路径,如果文件名确定没有问题,那肯定就是文件没有在pwd显示的这个路径下,自己放到这个路径就行了。 |
sobereva 发表于 2023-5-15 20:01 sob老师,用这个网站下的md还是无法打开。 |
sobereva 发表于 2023-5-15 20:01 sob老师,我使用这个下载vmd后还是一样 结果错误如下:Unable to load file 'system.xyz' using file type 'xyz'. 我输入的是dc system.xyz system.xyz mass_yz 1 1 1 -6 150 39 -6 250 64 0 133 33 {type 2 3} 在工作路径下放置了一个tcl脚本和轨迹文件。这个输入的dc在vmd.rc文件加里面加了一句source+路径/dc.tcl的命令。 |
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:42 http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html |
sobereva 发表于 2023-5-15 19:38 我大概清楚是下载的vmd的版本问题,在论坛里面和百度里面找到缘由了 |
sobereva 发表于 2023-5-15 19:38 Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10) 老师,这是我在vmd官网上面下的,能请老师指路vmd 1.9.3 64bit的下载路口嘛?是Linux系统下的还是window的? |
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:21 我不知道你用的哪个64bit的 本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题 |
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 16:51 诸如atomselect0 delete用来删除atomselect0对象并释放内存 |
sobereva 发表于 2023-5-15 13:19 除此之外,sob老师,原本32系统能运行的脚本,换到64位之后,发现vmd无法打开轨迹文件了。不管是lammpstrj轨迹文件还是xyz轨迹文件 |
sobereva 发表于 2023-5-15 13:19 多问sob老师一句,释放内存用vmd的什么命令? |
尝试64bit的VMD,或者修改脚本 32bit的只能最多用2GB,如果脚本执行过程中没恰当释放内存(诸如删除atomselect对象),就会因为内存不够而崩溃 |
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