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求助:vmd的tcl脚本无法运行

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发布时间: 2023-5-15 11:20

正文摘要:

各位老师,请问我的vmd运行tcl脚本过程中,出现以下情况是因为什么?内存太大导致的还是什么原因,电脑配置?

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lyj714 发表于 Post on 2023-5-16 14:32:09
本帖最后由 lyj714 于 2023-5-16 14:33 编辑

什么乱七八糟的问题。你要做的就是确定两点:
第一,你输入文件到底什么名字,从第一张图看出是lammps轨迹,名称system.lammpstrj,所以你后面用system.xyz是几个意思。
第二,你当前vmd工作路径到底在哪,这个直接终端输入pwd肯定可以显示具体的绝对路径,如果文件名确定没有问题,那肯定就是文件没有在pwd显示的这个路径下,自己放到这个路径就行了。
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-16 13:22:45
sobereva 发表于 2023-5-15 20:01
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html

sob老师,用这个网站下的md还是无法打开。
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-15 21:59:33
sobereva 发表于 2023-5-15 20:01
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html

sob老师,我使用这个下载vmd后还是一样
结果错误如下:Unable to load file 'system.xyz' using file type 'xyz'.
我输入的是dc system.xyz system.xyz mass_yz 1 1 1 -6 150 39 -6 250 64 0 133 33 {type 2 3}
在工作路径下放置了一个tcl脚本和轨迹文件。这个输入的dc在vmd.rc文件加里面加了一句source+路径/dc.tcl的命令。
sobereva 发表于 Post on 2023-5-15 20:01:50
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:42
Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10)
老师,这是我在vmd官网上面 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-15 19:44:03
sobereva 发表于 2023-5-15 19:38
我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题

我大概清楚是下载的vmd的版本问题,在论坛里面和百度里面找到缘由了
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-15 19:42:00
sobereva 发表于 2023-5-15 19:38
我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题

Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10)
老师,这是我在vmd官网上面下的,能请老师指路vmd 1.9.3 64bit的下载路口嘛?是Linux系统下的还是window的?
sobereva 发表于 Post on 2023-5-15 19:38:57
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:21
除此之外,sob老师,原本32系统能运行的脚本,换到64位之后,发现vmd无法打开轨迹文件了。不管是lammpstr ...

我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题
sobereva 发表于 Post on 2023-5-15 19:38:23
mengxiangidea 发表于 2023-5-15 16:51
多问sob老师一句,释放内存用vmd的什么命令?

诸如atomselect0 delete用来删除atomselect0对象并释放内存
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-15 19:21:09
sobereva 发表于 2023-5-15 13:19
尝试64bit的VMD,或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB,如果脚本执行过程中没恰当释放内存(诸如删除atom ...

除此之外,sob老师,原本32系统能运行的脚本,换到64位之后,发现vmd无法打开轨迹文件了。不管是lammpstrj轨迹文件还是xyz轨迹文件
mengxiangidea 发表于 Post on 2023-5-15 16:51:29
sobereva 发表于 2023-5-15 13:19
尝试64bit的VMD,或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB,如果脚本执行过程中没恰当释放内存(诸如删除atom ...

多问sob老师一句,释放内存用vmd的什么命令?
sobereva 发表于 Post on 2023-5-15 13:19:14
尝试64bit的VMD,或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB,如果脚本执行过程中没恰当释放内存(诸如删除atomselect对象),就会因为内存不够而崩溃

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