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求助：由于top文件导致MD错误

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zhitengcheer

发布时间: 2023-5-15 18:24

正文摘要:

本帖最后由 zhitengcheer 于 2023-5-15 20:37 编辑各位老师们，大家好。学生利用packmol生成了一个6nm的立方体盒子，里面含有1500个小分子的.pdb格式模型。再用MS的forcite模块计算电荷输出.mol2格式。再通过sob ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-5-18 00:01:54

zhitengcheer 发表于 2023-5-17 20:55
sob老师好，谢谢您耐心解答。1：学生根据您提示的方法重新生成了top文件后，进行动力学输出下图错误，学 ...

用packmol产生实际体系的pdb文件，里面分子数和top里的[molecules]对应上，把这个pdb和top文件结合mdp给grompp产生tpr

sobereva 发表于 Post on 2023-5-16 21:05:11

当前拓扑文件创建得非常不当
应当对单个分子用sobtop创建输入拓扑文件，并在top里的[molecules]如实指定其数量，而不是对整个盒子直接用sobtop产生拓扑文件。Sobtop网站上http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4明确说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班的一张ppt也专门说了这个问题，明显右边的写法好

zhitengcheer 发表于 Post on 2023-5-15 20:39:47

sobereva 发表于 2023-5-15 19:58
压缩后的结构文件、mdp都贴出来

sob老师您好，学生已将相应top的压缩文件和mdp文件上传。请您过目。

sobereva 发表于 Post on 2023-5-15 19:58:22

压缩后的结构文件、mdp都贴出来

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