求助，关于VMD可视化.dcd轨迹文件的问题

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发布时间: 2023-5-17 20:12

各位老师好，我用cp2k运行AIMD生成.dcd轨迹文件（选择.dcd的原因是.xyz不包含晶格信息，.pdb对于原子位置的坐标太不精确）。但是在后处理的时候遇到了一些问题： 1. 轨迹文件中自动判断了我的成键关系。其中水分子 ...

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Weldingspock 发表于 Post on 2023-5-18 13:25:30

lyj714 发表于 2023-5-18 13:02
element Pb and element I，这就是取的交集啊，能选中原子才怪。除了这个，还必须确定vmd已经正确读取了元 ...

谢谢！我也发现了……选了element Pb I之后就正常了，谢谢各位回复

lyj714 发表于 Post on 2023-5-18 13:02:06

本帖最后由 lyj714 于 2023-5-18 13:04 编辑

element Pb and element I，这就是取的交集啊，能选中原子才怪。除了这个，还必须确定vmd已经正确读取了元素名称，一般都是应该用pdb格式最后一列有元素名称的初始结构。

Weldingspock 发表于 Post on 2023-5-18 10:29:14

sobereva 发表于 2023-5-18 00:20
1 dcd不包含原子信息，只包含坐标。VMD是否接收到了元素信息取决于你载入dcd之前载入的结构文件是否有元素 ...

sob老师好，我载入dcd轨迹之前用的是.xyz文件载入的结构，里面是有元素信息的。但还是无法加载dynamic bonds

sobereva 发表于 Post on 2023-5-18 00:20:19

1 dcd不包含原子信息，只包含坐标。VMD是否接收到了元素信息取决于你载入dcd之前载入的结构文件是否有元素信息，然而你又没交代

2 老老实实用dcd记录轨迹就完了

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