MD后得到的RMSD曲线很是奇怪

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发布时间: 2016-7-15 22:24

如图所示，不管时间跑多长，在结尾的地方总是会突然往下掉。这样使用能拿来使用的frames是不是必须在分析之前用trjconv把稳定的frames挑出来

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青青青 发表于 Post on 2019-7-1 13:30:21

请问你输入的什么命令计算rmsd呢？谢谢

shx 发表于 Post on 2016-7-17 00:18:36

为什么从样子上看感觉是你作RMSD图的时候选择的初始结构的问题呢？是不是把MD之后的结构作为初始结构了？

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
sobereva	+ 1	我很赞同

dark_cosmos 发表于 Post on 2016-7-16 11:49:58

平辉正发表于 2016-7-16 09:39
你是不是加了退火？

多谢回复。这个MD没有加退火，我是跑的GROMACS Tutorial中自由能计算的那个例子，对于每个lambda都是这种情况。

平辉正 发表于 Post on 2016-7-16 09:39:12

你是不是加了退火？

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