多肽封端如何补充力场参数？

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发布时间: 2023-5-19 15:27

老师好，我需要给多肽封端，用了charmmGui的pdb reader，实现了N端acetylated 、 C 端 methyl-amid ，即CH3CONH-序列-CONHCH3。现在需要用gmx pdb2gmx 产生该多肽的拓扑文件。力场是charmm36。使用 ...

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windy 发表于 Post on 2024-6-13 13:38:00

bingzan 发表于 2023-5-21 20:00
嗯嗯，成功了，谢谢你！

请问怎么操作？也遇到这个问题，麻烦了！

c00jsw00 发表于 Post on 2023-12-15 14:12:03

其實你可以使用packmol 將一個peptide pdb 當成reference 之後packing 多個peptide到一個box 裡面..再送入
charmm gui 裡面產生相關的par and top files ...

zwy123 发表于 Post on 2023-12-15 13:38:24

bingzan 发表于 2023-5-21 20:00
嗯嗯，成功了，谢谢你！

你好，请问具体是怎么操作的呢，和您遇到一样的问题了

valiente1 发表于 Post on 2023-5-27 14:47:03

喵星大佬发表于 2023-5-21 11:40
去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个

大佬你好，我在构建非标准残基的拓扑，请问小分子用H封端可以吗

bingzan 发表于 Post on 2023-5-21 20:00:22

喵星大佬发表于 2023-5-21 11:40
去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个

嗯嗯，成功了，谢谢你！

喵星大佬 发表于 Post on 2023-5-21 11:40:53

去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个

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