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伞形采样模拟grompp报错求助

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gxs

发布时间: 2023-5-20 16:32

正文摘要:

gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf6.gro -p topol.top -r conf6.gro -n index.ndx -o npt0.tpr，输入该命令，mdp文件如下所示，出现图一的报错，然后在mdp末尾加入末尾pull_group1_pbcatom = 1，出 ...

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gxs 发表于 Post on 2023-6-6 17:30:39

盒子有三个方向x,y,z 请问需要每个方向都满足吗

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-5-24 22:49:05

如报错信息所说，需要group中所有原子的距离到PBC atom（默认是组内的第一个原子）的距离小于盒子尺寸的一半。

gxs 发表于 Post on 2023-5-23 17:10:28

Frozen-Penguin 发表于 2023-5-21 13:48
这是周期性边界条件下计算质心的要求，计算质心的组尺寸如果太大，就无法正确计算质心，解决方法是加大盒子 ...

好的，谢谢。那请问该怎么判断加多少大小的盒子呢

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-5-21 13:48:51

这是周期性边界条件下计算质心的要求，计算质心的组尺寸如果太大，就无法正确计算质心，解决方法是加大盒子的尺寸。

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