求助，为什么按照蒙脱石教程一步步来，产生的轨迹文件放入vmd,它会变成这样，像键被拉长

sobereva 发表于 2023-5-27 07:21
能

好的，谢谢老师

wuxiaofei 发表于 2023-5-26 08:58
老师我用的是矩形盒子报错了，我将溶液的轨迹单独提取出来能够计算，这样结果能用吗

能

sobereva 发表于 2023-5-26 05:04
如果不是矩形盒子，基于矩形盒子模拟和分析
或者自己写VMD脚本计算密度曲线

老师我用的是矩形盒子报错了，我将溶液的轨迹单独提取出来能够计算，这样结果能用吗

wuxiaofei 发表于 2023-5-25 09:21
谢谢老师，我已经解决了，我检查了拓扑文件发现里边有缺失和计算错误，现在已经正常模拟显示，但是模拟结 ...

如果不是矩形盒子，基于矩形盒子模拟和分析
或者自己写VMD脚本计算密度曲线

sobereva 发表于 2023-5-23 02:02
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生slab的拓扑文件，里面所有参数都用sobtop自动猜的刚性参 ...

谢谢老师，我已经解决了，我检查了拓扑文件发现里边有缺失和计算错误，现在已经正常模拟显示，但是模拟结束后我想计算Z轴方向水密度的分布，但是出错了，这种该怎么解决啊

1. Command line:
   
2.   gmx density -f npt.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -sl 350 -o density.xvg -d Z -dens number
   
3. 
   
4. Reading file npt.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
   
5. 
   
6. Select 1 group to calculate density for:
   
7. Group     0 (         System) has  6544 elements
   
8. Group     1 (          Other) has  6428 elements
   
9. Group     2 (            mon) has  1280 elements
   
10. Group     3 (          Water) has  5148 elements
    
11. Group     4 (             Na) has    70 elements
    
12. Group     5 (             Cl) has    46 elements
    
13. Group     6 (            Ion) has   116 elements
    
14. Group     7 (            mon) has  1280 elements
    
15. Group     8 (          Water) has  5148 elements
    
16. Group     9 (             Na) has    70 elements
    
17. Group    10 (             Cl) has    46 elements
    
18. Group    11 ( Water_and_ions) has  5264 elements
    
19. Select a group: 3
    
20. Selected 3: 'Water'
    
21. Reading frame      15 time  750.000
    
22. -------------------------------------------------------
    
23. Program:     gmx density, version 2020.3-MODIFIED
    
24. Source file: src\gromacs\pbcutil\mshift.cpp (line 904)
    
25. 
    
26. Fatal error:
    
27. There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
    
28. consisting of 6544 atoms. The longest distance involved in such interactions
    
29. is 3.860 nm which is above half the box length. This molecule type consists of
    
30. muliple parts, e.g. monomers, that are connected by interactions that are not
    
31. chemical bonds, e.g. restraints. Such systems can not be treated. The only
    
32. solution is increasing the box size.

复制代码

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生slab的拓扑文件，里面所有参数都用sobtop自动猜的刚性参数，看看是否能跑成功、是否结构能维持好

萌新杨同学 发表于 2023-5-21 17:50
大概率是力场参数没搞对
把拓扑文件贴上来看看

我把拓扑文件贴到下边了，谢谢

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大概率是力场参数没搞对
把拓扑文件贴上来看看

取消显示溶液部分，用licorice之类便于观看结构的方式显示，如果看到本来应该是刚性的结构部分都变形了，就是itp有问题