求助：利用校正轨迹后的xtc文件来计算相互作用能，数据异常的原因？

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发布时间: 2023-5-22 14:26

本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-22 14:50 编辑利用下图1的方法计算了相互自由能，我自己需要的稳定构象的作用能是没问题的，但当我在计算平均作用能的时候发现有部分的数据非常异常，Coul-SR是负数但LJ-SR会出 ...

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sd6512066 发表于 Post on 2023-5-24 14:34:31

sobereva 发表于 2023-5-23 23:33
如果你就是想考察真空下的相互作用情况，可以这样

感谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2023-5-23 23:33:48

sd6512066 发表于 2023-5-23 10:22
那请问老师，在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

如果你就是想考察真空下的相互作用情况，可以这样

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-23 10:22:57

sobereva 发表于 2023-5-23 02:05
溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事

那请问老师，在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

sobereva 发表于 Post on 2023-5-23 02:05:08

sd6512066 发表于 2023-5-22 23:10
请教一下，没有实际意义的原因是什么呢？是这种算法本身存在的问题吗？
感谢sob老师

溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-22 23:10:58

sobereva 发表于 2023-5-22 22:56
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义，不考虑溶 ...

请教一下，没有实际意义的原因是什么呢？是这种算法本身存在的问题吗？
感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2023-5-22 22:56:21

sd6512066 发表于 2023-5-22 15:02
这种异常的结果会跟计算方法有关吗？也想请教下怎么用MMPB/GBSA，感谢回复

https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义，不考虑溶剂效应绝对不行，这对结合有至关重要的影响

sd6512066 发表于 Post on 2023-5-22 15:02:59

Huschein 发表于 2023-5-22 14:53
这种方法太粗糙了，稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

这种异常的结果会跟计算方法有关吗？也想请教下怎么用MMPB/GBSA，感谢回复

Huschein 发表于 Post on 2023-5-22 14:53:24

这种方法太粗糙了，稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

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