Entropy.S.I 发表于 2023-5-23 14:13
如果GPU是Ada架构，改用2022.5可获得近10%的性能提升。
http://bbs.keinsci.com/thread-35960-1-1.html
...

请问下，当前时间可以使用GMX 2023.4版本了吗？其GPU加速效果相较于2022版本是否有了较大提升？

jim 发表于 2024-1-13 11:26
请教一下，请问禁用了哪些默认驱动？禁用默认驱动的目的是什么呀？
我按照sob老师的帖子和本帖内容，想从2 ...

硬件有两个显卡，一是主板内置的显卡（驱动是centos系统自带的驱动），另一是装的GTX4090显卡（驱动是另外安装的NVIDIA驱动），禁用的驱动是系统自带的驱动，使得能够使用NVIDIA的驱动，这样Gromacs能够调用。您的截图好像是安装make问题，估计安装不成功跟驱动关系不大。估计是cmake3的问题，可尝试重新安装cmake3.

请教一下，请问禁用了哪些默认驱动？禁用默认驱动的目的是什么呀？
我按照sob老师的帖子和本帖内容，想从2022.5升级到2023.2，一直都没成功。
报错提示如图：


请问各位老师如何解决？

牧生 发表于 2023-6-17 19:53
末尾的引号内

好的，非常感谢！

Amphibiouskii 发表于 2023-6-17 16:31
大佬好，请问第二步

这里的在末尾添加是在引号内还是引号外啊？还有就是我这里的原始显示是：

末尾的引号内

牧生 发表于 2023-5-24 11:29
补充一个我的方案，我用的是rockylinux 9.2，其中，在禁用默认的驱动程序这一步，简单多了
第一步.
vim / ...

大佬好，请问第二步

GRUB_CMDLINE_LINUX="XXXXXXXXXXXXXXXXX=nouveaunouveau.modeset=0" #在末尾添加rd.driver.blacklist=nouveaunouveau.modeset=0 modprobe.blacklist=nouveau，
保存退出，然后运行

这里的在末尾添加是在引号内还是引号外啊？还有就是我这里的原始显示是：

1. GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=auto resume=M3UUID=2cee213f-d2c7-415c-9699-35477a765aca rhgb quiet"

复制代码

引号内的部分需要跟楼主改成一样的吗，还是保持原样直接添加就行？

Entropy.S.I 发表于 2023-6-4 12:30
问题很明确，就是我前面推测的，主板把PCIe Generation限制在Gen1了。应该去主板BIOS中修正此选项为auto ...

好的，非常感谢您的指导

更新：这边按您的意见先进bios看了一下相关选项，发现已经是auto了。但主板bios版本太老了(F2)，官网最新版本为F6b，更新bios版本后重新输入nvidia-smi -q | grep 'GPU Link Info' -A 9，输出为：

1. GPU Link Info
   
2.     PCIe Generation
   
3.         Max                       : 4
   
4.         Current                   : 4
   
5.         Device Current            : 4
   
6.         Device Max                : 4
   
7.         Host Max                  : 5
   
8.     Link Width
   
9.         Max                       : 16x
   
10.         Current                   : 16x

复制代码

又拿benchmark中的A进行了测试，速度与之前相比有着巨大的提升，但与您的参考数据仍有一点差距(多核时约为10%-20%)，不知能否让性能再提升一点。

MercuryLamp 发表于 2023-6-4 11:00
好的，感谢您的建议，我们这边再排查看看

update：我用A这个例子又测试了一下，发现不管有没有任务运 ...

问题很明确，就是我前面推测的，主板把PCIe Generation限制在Gen1了。应该去主板BIOS中修正此选项为auto。顺便也建议先更新主板BIOS，最新BIOS在主板官网下载。

Entropy.S.I 发表于 2023-6-4 00:00
后面几个百万、千万原子的模型，CPU没啥瓶颈，核数分多了用不满，正常。

你提供的log我看过了，和这一 ...

好的，感谢您的建议，我们这边再排查看看

update：我用A这个例子又测试了一下，发现不管有没有任务运行，nvidia-smi -q | grep 'GPU Link Info' -A 9的输出均为：

1. GPU Link Info
   
2.     PCIe Generation
   
3.         Max                       : 1
   
4.         Current                   : 1
   
5.         Device Current            : 1
   
6.         Device Max                : 4
   
7.         Host Max                  : 1
   
8.     Link Width
   
9.         Max                       : 16x
   
10.         Current                   : 16x

复制代码

MercuryLamp 发表于 2023-6-3 23:11
大佬您好，受您的指导，我们又做了一次测试，并监测了GPU和CPU的实时数据，发现在测试STMV和benchPEP-h这 ...

后面几个百万、千万原子的模型，CPU没啥瓶颈，核数分多了用不满，正常。

你提供的log我看过了，和这一模一样的情况我没遇到过，目前还是比较怀疑问题出在PCIe通信上。目前我能提供的下一步排查思路是：在跑mdrun的时候使用nvidia-smi -q | grep 'GPU Link Info' -A 9命令查看PCIe Generation > Current和Link Width > Current这2项，检查一下PCIe实际的链接速率是否为Gen4 x16，说不定是BIOS把PCIe Generation限制在Gen1了……

没必要把我之前benchmark的那些任务老实跑完，浪费时间，手动跑几个就行了。

Entropy.S.I 发表于 2023-6-2 20:43
这是Kepler架构GPU的SM编号，CUDA 12移除了对Kepler架构的支持，所以检测不到相应的flags。这完全不影响4 ...

大佬您好，受您的指导，我们又做了一次测试，并监测了GPU和CPU的实时数据，发现在测试STMV和benchPEP-h这两个例子时，CPU确实存在未完全使用的问题，但感觉可能还有其他原因，因为前面几个例子(A, A-2, B, B-TI)在测试时CPU是全部使用了的，对于bonded CPU的一些输出文件我打包在了附件的压缩包中(GPU-resident的数据还在测试中)，还望您能再抽空指导一下，万分感谢

Entropy.S.I 发表于 2023-6-2 20:43
这是Kepler架构GPU的SM编号，CUDA 12移除了对Kepler架构的支持，所以检测不到相应的flags。这完全不影响4 ...

好的，非常感谢您的建议，我们这边再测试一下，之后再将结果拿过来请教您

MercuryLamp 发表于 2023-6-2 19:16
谢谢您的回复，不过我们这边刚刚检查了一下，是没有插错的，我们这边再找找有没有其他问题，谢谢您

up ...

这是Kepler架构GPU的SM编号，CUDA 12移除了对Kepler架构的支持，所以检测不到相应的flags。这完全不影响4090，所以不是你GMX性能不正常的原因。

建议在运行mdrun时使用"nvidia-smi dmon -s pucvmt -o T"命令监测GPU实时详细性能数据（可以加上-f [输出文件名]以将所有信息直接保存到文本文件中），使用s-tui工具检测CPU实时功耗、各核心频率等数据，以进一步排查问题。另外，也把mdrun的log上传一下。

Entropy.S.I 发表于 2023-6-2 12:21
怀疑你把4090插在了不正确的PCIe slot上。刚刚回完一个贴http://bbs.keinsci.com/thread-37587-1-1.html  ...

谢谢您的回复，不过我们这边刚刚检查了一下，是没有插错的，我们这边再找找有没有其他问题，谢谢您

update：我在看cmake的输出时，发现了如下的输出，不知这个是否会有影响？

1. -- Adding work-around for issue compiling CUDA code with glibc 2.23 string.h
   
2. -- Check for working NVCC/C++ compiler combination with nvcc '/usr/local/cuda-12.1/bin/nvcc'
   
3. -- Check for working NVCC/C++ compiler combination - works
   
4. -- Checking if nvcc accepts flags --generate-code=arch=compute_35,code=sm_35
   
5. -- Checking if nvcc accepts flags --generate-code=arch=compute_35,code=sm_35 - Failed
   
6. -- Checking if nvcc accepts flags --generate-code=arch=compute_37,code=sm_37
   
7. -- Checking if nvcc accepts flags --generate-code=arch=compute_37,code=sm_37 - Failed

复制代码

完整的输出中我也发现了一些其他的含Failed的内容，不知有没有大佬能帮忙解答一下