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Linux系统下,高斯优化结构产生的chk文件是恢复的文件碎片

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发布时间: 2023-5-26 15:11

正文摘要:

本帖最后由 mengmeng12 于 2023-5-26 15:11 编辑 各位老师好,Linux系统下,高斯(G16版本)优化结构产生的chk文件是恢复的文件碎片,可以正常转化为formchk文件,但结构和out文件不一样,不知道是哪里出现了问题 ...

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mengmeng12 发表于 Post on 2023-5-27 20:38:53
sobereva 发表于 2023-5-27 05:36
甭管什么“恢复的文件碎片“,Windows又不可能知道chk在当前语境下的含义是什么,瞎标注的文件类型别当回事 ...

好嘞,明白啦,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2023-5-27 05:36:57
甭管什么“恢复的文件碎片“,Windows又不可能知道chk在当前语境下的含义是什么,瞎标注的文件类型别当回事

chk这种二进制文件怎么可能用文本编辑器打开,最基本的计算机常识

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
mengmeng12 发表于 Post on 2023-5-26 20:15:40
kimariyb 发表于 2023-5-26 18:55
量化计算,不涉及“键”的概念。毕竟求解薛定谔方程时,是不需要提供化学键的信息的。这是 sob 老师经常强 ...

好嘞,谢谢啦
kimariyb 发表于 Post on 2023-5-26 18:55:02
量化计算,不涉及“键”的概念。毕竟求解薛定谔方程时,是不需要提供化学键的信息的。这是 sob 老师经常强调的。你可以多试试几个稠环分子,你 formchk 出来的 fchk 文件和 out 文件,都拖进 gview 里面,十有八九 gview 都会给你 “不一样” 的结构。
mengmeng12 发表于 Post on 2023-5-26 18:50:14
好滴,受教啦,谢谢
乐平 发表于 Post on 2023-5-26 15:31:03
怎么不一样了……

不要被眼睛迷惑了,那些所谓的“键”只不过是连接方式而已,不代表任何实际意义。

你应该用测量工具,量一下所谓“断开”的原子之间的距离,你会发现它和连在一起的原子间的距离是一模一样的距离;
量一下“断开”原子之间的角度,你也会发现它和连在一起的原子间的角度也是一模一样的度数;
量一下“断开”原子之间的二面角,你也会发现它和连在一起的原子间的二面角也是一模一样的度数。

再次强调,不要用眼睛看所谓的“键”。量子化学计算里没有任何“键”的关系。你即使把所有的“键”都删掉,依旧能进行计算,依旧能得到合理的结果(只要原子间的距离,角度,二面角的关系是对的)。

经典分子动力(classic MD)才需要对体系设置化学键的类型信息。

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