有关metadynamics的后处理中的问题

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发布时间: 2023-5-28 23:36

本帖最后由 gehan 于 2023-5-28 23:52 编辑请问各位，在使用cp2k计算体系的AIMD时，并且使用metadynamics功能，得到的数据怎么样才能处理得到FES图（包括一维和二维的），我在所查到的资料中，了解到cp2k自带了g ...

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XXDD 发表于 Post on yesterday 10:44

请教一下fes.dat数据里面最有一列能量的单位是什么呀

JCenter 发表于 Post on 2025-6-24 01:20:21

likejade 发表于 2023-5-29 07:29
可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

大佬，可以cp2k中使用colvar跑完metadynamics后，然后再使用plumed做后处理吗

weiweiwei1212 发表于 Post on 2024-8-27 21:49:52

您好，我现在刚自学metad处理自由能，也遇到了和您一样的疑惑，想请问一下有3个CV的体系，想看一下整个体系变化过程中的自由变化即一维自由能曲线，graph.psmp应该用什么指令？

likejade 发表于 Post on 2023-5-31 16:47:57

gehan 发表于 2023-5-31 11:34
好的，谢谢指教，已经开始学习了，plumed是不是自带比较好用的后处理分析的功能啊

gehan 发表于 Post on 2023-5-31 11:34:40

likejade 发表于 2023-5-29 07:29
可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

好的，谢谢指教，已经开始学习了，plumed是不是自带比较好用的后处理分析的功能啊

lyj714 发表于 Post on 2023-5-29 12:26:54

你应该把得到的那三列数据直接丢到origin中，分别标记为X, Y, Z，然后转成矩阵数据，再用矩阵数据来3D作图就行了

likejade 发表于 Post on 2023-5-29 07:29:36

可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

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