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gmx 模拟过程中box-X 不断增加;但box-Y不断减小

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发布时间: 2023-5-30 18:45

正文摘要:

老师们好: 我用gmx的martini3力场模拟一个蛋白质-膜的体系,发现在production阶段,盒子的X边长不断增加,而Y边长缺不断减小(初始50*20*20nm,到最后是123*7*22nm),想问下是什么原因呢? 控温控压: tcou ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-5-31 03:40:20
X和Y相对尺寸变化,和整体盒子尺寸变化,是两个维度的问题。用semiisotropic至少不会令X和Y相对尺寸发生变化。至于整体盒子大小明显变化,可能原因很多,诸如初始结构密度和实际偏离大、拓扑文件或参数有问题、蛋白插入方式问题,等等,需要一点点排查。
盒子在达到平衡之前不要用PR压浴

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