求助：ligpargen服务器识别MS的pdb文件生成top时报错

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发布时间: 2023-5-30 19:39

我用ms建立了一个聚合物的模型，导出pdb文件（总原子数只有153个），想用ligpargen生成top文件，但总是报错，无法生成。之后尝试了导出mol文件，ligpargen还是会报错，这是什么原因？如何解决呢？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-6-1 03:43:59

dooooo 发表于 2023-5-31 13:27
我要用的是oplsaa力场的，这个也可以用吗？
还有你说的联系作者是指？联系ligpargen服务器的作者吗？

显然是ligpargen的作者

sobtop构建的基于GAFF的拓扑文件模拟聚合物没有丝毫问题，我看不出有任何理由非用OPLS-AA不可

slxc920113 发表于 Post on 2023-6-1 00:37:40

用AuToFF吧，https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom，你甚至可以直接代替MS的聚合物建模。

dooooo 发表于 Post on 2023-5-31 13:27:02

sobereva 发表于 2023-5-31 03:36
程序bug。尝试联系作者，或者用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）生成

我要用的是oplsaa力场的，这个也可以用吗？
还有你说的联系作者是指？联系ligpargen服务器的作者吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-5-31 03:36:01

程序bug。尝试联系作者，或者用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）生成

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