计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：使用autodock vina对接时出现ATOM语法不正确

求助：使用autodock vina对接时出现ATOM语法不正确

查看数: 2587 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

zhangs

发布时间: 2023-5-31 10:23

正文摘要:

各位老师，我使用Autodock vina对DNA与小分子进行对接时出现了以下报错，我想问下应该怎么解决。 Parse error on line 2034 in file "DNA.pdbqt": ATOM syntax incorrect: "B" is not a valid AutoDock ...

回复 Reply

hdx 发表于 Post on 2023-8-5 17:35:43

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

你好，这个文件下载下来以后放到哪里，具体要怎么操作可以指点一下吗

zhangs 发表于 Post on 2023-7-13 09:23:15

494085639 发表于 2023-7-11 11:09
想请教下有办法把这个参数加到VINA里边吗，我想做批量对接autodock有点搞不定

vina好像对接不了这种含有元素类型检测不通过的原子的化合物

494085639 发表于 Post on 2023-7-11 11:09:11

想请教下有办法把这个参数加到VINA里边吗，我想做批量对接autodock有点搞不定

zhangs 发表于 Post on 2023-6-9 15:38:53

本帖最后由 zhangs 于 2023-6-15 09:37 编辑

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

感谢感谢

zhangs 发表于 Post on 2023-6-8 10:10:57

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

谢谢，非常感谢大佬的帮助

喵星大佬 发表于 Post on 2023-6-8 06:53:28

看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

在就是第一个碱基是个人工碱基，里面有个硼酸，不是AD4力场或者Vina力场里默认支持的元素，Vina的元素类型检测是通不过了
实在要对接可以用autodock，去
https://github.com/draskot/Vini/blob/main/AD4_parameters.dat
下载AD4力场扩展元素的非键参数文件，按照正常流程生成gpf文件，把这里下的文件添加进去，运行autogrid生成对应的affinity map然后正常对接，dpf文件也要把这个参数文件填进去

zhangs 发表于 Post on 2023-6-7 10:00:23

这是三个小分子的结构

NE.pdbqt

1.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

E.pdbqt

1.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

DA.pdbqt

1.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

zhangs 发表于 Post on 2023-6-7 09:57:50

DNA的结构

total.pdb

163.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register