加离子的时候出现下面报错

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LY1

发布时间: 2023-5-31 10:46

加入离子的时候用的gmx genion -s em.tpr -p mix.top -o mix3.gro -np 17 -nn 17 -pname LI -nname I 命令后报错，显示拓扑文件找不到水分子。

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菜狗博 发表于 Post on 2025-4-27 15:56:32

您好，请问解决这个问题了吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-6-1 12:17:46

LY1 发表于 2023-6-1 09:14
拓扑文件中已经有水分子，并且已经尝试用命令添加水分子；在加离子那一步就是不显示水分子

看看opc3.itp里分子名是不是SOL
也可以不提供拓扑文件，加完离子后再手动改

sobereva 发表于 Post on 2023-6-1 05:21:48

当前拓扑文件里[molecules]里必须有SOL

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