优化的时候分子的识别团和共轭结构卷在一起了

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QSC

发布时间: 2023-6-1 13:30

如图，红色部分是识别团，用Chem3D打开之后，就会卷到共轭结构上去，分不开。高斯算完之后还是卷一起的，请问怎么可以分开。

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牧生 发表于 Post on 2023-6-2 07:08:23

http://sobereva.com/594

红色圆圈内的原子靠的太近了，优化出来也不对。如果懒得重画，可以先用orca把分子拉直以后（分别选择原子拉两次，1-1和2-2），再进行结构优化。

sobereva 发表于 Post on 2023-6-2 01:36:52

显然不能直接拿Gaussian基于这个结构计算，大概率直接就会提示有过近原子间接触导致一开始就停掉
起码用gview调整到看上去没有硬伤为止
这种没有并环的结构根本没必要也不推荐用chemdraw+chem3D产生初始结构，直接用gview手动画出来不可能有那么恶心的地方

wzkchem5 发表于 Post on 2023-6-1 17:04:08

在Chem3D里用MM2等力场优化一下即可。用MM2跑一个时间较短的退火更佳

乐平 发表于 Post on 2023-6-1 14:44:00

直接用 GaussView 建模啊，又不是分复杂……

立体结构在 ChemDraw 是画平面分子式的工具，当然不能很好地表达立体结构。

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