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关于gromacs模拟B(OH)3与水互溶过程中的问题

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tym1999

发布时间: 2023-6-2 14:10

正文摘要:

本帖最后由 tym1999 于 2023-6-2 14:08 编辑想探究B(OH)3和水的互溶情况，因此建立了B(OH)3和水分离的初始盒子（图1），模拟运行20ns之后（图2）发现B(OH)3（图中VDM形式）大部分并没有分散溶于水中，仍然是一块 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-6-6 09:16:34

tym1999 发表于 2023-6-4 15:10
老师，哪我想问下这种缺少的力场参数一般去哪搜呢？通过输入什么搜索呢？

google或google学术搜，输入硼酸的英文名和forcefield parameter，找相关的模拟文章。实在找不到的话就自己拟合

tym1999 发表于 Post on 2023-6-4 15:10:42

sobereva 发表于 2023-6-4 02:43
基于Hessian得到二面角并不合适，这样的话二面角都成刚性的了，OH就没法旋转了。从你的截图看确实所有硼 ...

老师，哪我想问下这种缺少的力场参数一般去哪搜呢？通过输入什么搜索呢？

sobereva 发表于 Post on 2023-6-4 02:43:33

tym1999 发表于 2023-6-3 15:59
BOH3拓扑文件是采用sobtop(dev3.1)参数完全基于GAFF的方式产生的，其中缺少的二面角参数是Sobtop基于Hess ...

基于Hessian得到二面角并不合适，这样的话二面角都成刚性的了，OH就没法旋转了。从你的截图看确实所有硼酸都成了平面结构。结构不合理，可能导致氢键的描述也有问题。
硼酸不是罕见体系，估计早有人模拟过，能搜到的话可以借用别人的二面角参数。

tym1999 发表于 Post on 2023-6-3 19:30:46

wzkchem5 发表于 2023-6-3 17:55
一个可能的原因是，水溶液里硼酸会和水分子配位（https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/ ...

那大概什么力场能够描述这种配位作用呢？

slxc920113 发表于 Post on 2023-6-3 18:17:51

20ns的时间还不够吧，增加模拟时间或者提高温度试试

wzkchem5 发表于 Post on 2023-6-3 17:55:33

一个可能的原因是，水溶液里硼酸会和水分子配位（https://www.sciencedirect.com/sc ... 04006384?via%3Dihub）。普通力场描述不了这种配位作用，导致低估硼酸和水的作用能，进而低估硼酸的溶解度

tym1999 发表于 Post on 2023-6-3 15:59:21

sobereva 发表于 2023-6-3 01:08
说具体拓扑文件怎么来的，原子电荷具体怎么算的

BOH3拓扑文件是采用sobtop(dev3.1)参数完全基于GAFF的方式产生的，其中缺少的二面角参数是Sobtop基于Hessian直接算出来的；原子电荷是采用Multiwfn计算的RESP2电荷（先在b3lyp/6-31g(d,p)下进行优化，然后基于优化过的结构利用B3LYP/def2TZVP下在气相和IEFPCM模型表现的水环境下分别算单点从而获得的。）

sobereva 发表于 Post on 2023-6-3 01:08:18

说具体拓扑文件怎么来的，原子电荷具体怎么算的

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