lyj714 发表于 2023-6-6 22:47
你这个中间就涉及到一个waterlab.gro用过vmd移动处理过，并且这个gro超过了10W, 所以你如果用vmd平移以后 ...

！好的，我试一试，谢谢老师

rdcfm1223 发表于 2023-6-6 22:05
你好，首先感谢老师们能够有回复。
我使用的gmx版本是2020.6GPU加速版。

你这个中间就涉及到一个waterlab.gro用过vmd移动处理过，并且这个gro超过了10W, 所以你如果用vmd平移以后，就必须保存为pdb格式而不是gro，否则结构就已经错了，你发的box.gro中格式就已经不对了。我意思是vmd1.9.3对超过10W原子体系 保存为gro格式 才会有问题，你全程用pdb格式保存不就行了。

lyj714 发表于 2023-6-6 01:28
哪个版本gmx生成的gro说清楚。

你提供的这个mix.gro的从第100002行开始是有问题的，错位了，你这一看就 ...

你好，首先感谢老师们能够有回复。
我使用的gmx版本是2020.6GPU加速版。

我使用solvate生成了两个文件，一个是drop.gro，另一个是waterlab.gro。
生成drop.gro之后，我使用editconf扩充了盒子，并且进行了简单的em\eq\prod。最终获得了一个自然收缩的液滴，是本回复链接里提供的dropmd.gro。
在这之后，我使用vmd扩充了waterlab.gro的盒子，并且对原子进行了整体移动，保存为box.gro。将把dropmd.gro中的第3行至倒数第二行的所有原子信息复制粘贴到了box.gro中相应信息的后面，并且修改了gro文件第二行的原子数为lab和drop的总和，产生mix.gro。为了残基顺序的正常，我把mix用vmd打开然后另存为覆盖了。

按照我自己写的记录，用到的命令顺序如下：
gmx solvate -box 10 10 10 -o waterbox.gro
生成10nm的水盒子
gmx editconf -f waterbox.gro -o drop.gro -box 30 30 30
扩充盒子30nm，
gmx grompp -f em.mdp -c drop.gro -p drop.top -o dropem.tpr
gmx mdrun -v -deffnm dropem
gmx grompp -f eq.mdp -c dropem.gro -p drop.top -o dropeq.tpr
gmx mdrun -v -deffnm dropeq
vmd dropeq.gro
水盒子未完全成球
gmx grompp -f prod.mdp -c dropeq.gro -p drop.top -o dropmd.tpr;200ps
gmx mdrun -v -deffnm dropmd
vmd dropmd.gro
水盒子已经生成液滴
[atomselect top all] moveby {0 0 100}.
为了之后与液池进行组合，再进行z方向上的适当微调

gmx solvate -box 30 30 10 -o waterlab.gro
pbc set {300 300 500}
[atomselect top all] moveby {0 0 20}
save as box.gro

将box、dropmd的gro文件手动合并，再修正总数目：98319+878340=976659，保存为mix.gro
修正topol.top为 SOL 325553

几个文件都在链接里。
链接: https://pan.baidu.com/s/1zns2QHvK4d1NBRq3kU_uZA?pwd=b8vf[/url] 提取码: b8vf

请问老师，有哪里可以改进来避免出现我这种问题的嘛
另外，solvate生成的其中一个原始文件waterlab.gro文件通过vmd可以正常打开。
如果是因为vmd对超过10万原子的保存有问题，那中间对原子的整体移动还有手动合并两个文件调整残基和原子序号的操作应该怎么处理呀。

sobereva 发表于 2023-6-6 07:09
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

知道了老师，不好意思，下次会注意的

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

哪个版本gmx生成的gro说清楚。

你提供的这个mix.gro的从第100002行开始是有问题的，错位了，你这一看就用的vmd另存为的gro，这是不行的，vmd1.9.3对于gro保存，超过10万原子就有问题，这本来就是vmd的bug。既然gro出问题，如果用这个gro转成pdb那肯定也是错的。

你并没有提供solvate生成的原始gro。