AMBER14SB力场描述诸如COO-类带电基团的光谱性质怎么样

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发布时间: 2023-6-9 21:39

各位老师好，我结合 http://sobereva.com/365 帖子计算了某离子通道蛋白的通道部分——谷氨酸的COO-基团的光谱。据相关文献报道，COO-基团的对称和非对称振动频率为1400cm-1和1605cm-1， ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-6-19 22:16:06

uenh1998 发表于 2023-6-19 21:29
社长，能否直接用ambertools的acpype产生蛋白的19SB力场的拓扑文件呢。
还有个问题，如果产生了拓扑文件 ...

acpype不是AmberTools里的

不会。拓扑文件里直接带着完整参数就不需要额外用力场包

uenh1998 发表于 Post on 2023-6-19 21:29:28

sobereva 发表于 2023-6-17 15:59
尝试ambertools的leap产生拓扑文件，然后parmED转成gmx的

社长，能否直接用ambertools的acpype产生蛋白的19SB力场的拓扑文件呢。
还有个问题，如果产生了拓扑文件，但是没有19SB的力场包，这样的拓扑文件直接用会不会出错呢。

sobereva 发表于 Post on 2023-6-17 15:59:28

uenh1998 发表于 2023-6-17 14:29
但是AMBER19SB的力场包，我找了好久没找到发布的zip压缩包，不知道老师可不也可以指点一下获取的渠道:diz ...

尝试ambertools的leap产生拓扑文件，然后parmED转成gmx的

uenh1998 发表于 Post on 2023-6-17 14:29:12

sobereva 发表于 2023-6-17 11:21
优势这么显著，明显应该用OPC3。结合AMBER19SB更好

但是AMBER19SB的力场包，我找了好久没找到发布的zip压缩包，不知道老师可不也可以指点一下获取的渠道

sobereva 发表于 Post on 2023-6-17 11:21:07

uenh1998 发表于 2023-6-16 19:10
这个计算纯水的光谱我倒是提前算过了，这三个图分别是OPC3 SPC/E TIP3P模型的IR，很明显看到OPC3的 ...

优势这么显著，明显应该用OPC3。结合AMBER19SB更好

sobereva 发表于 Post on 2023-6-16 11:17:08

uenh1998 发表于 2023-6-14 20:42
社长，这是我算的Asp氨基酸的谱，黑色是gmx模拟结果，红色是实验结果（1THz=33.33cm-1）。组合是AM ...

建议你先模拟用不同水模型模拟纯水的IR跟实验的比比
OPC3模拟水的物理性质好，不代表模拟IR也好

uenh1998 发表于 Post on 2023-6-10 08:39:03

sobereva 发表于 2023-6-10 07:50
算不上有多大差异
一个最简单形式且通用目的的蛋白质力场+水模型，不可能指望算出的频率能和实验吻合有多 ...

谢谢老师，那我接着算出的光谱数据进行研究了

sobereva 发表于 Post on 2023-6-10 07:50:16

算不上有多大差异
一个最简单形式且通用目的的蛋白质力场+水模型，不可能指望算出的频率能和实验吻合有多好。只需要关注你想研究的问题，别管绝对误差

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