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计算磷酸基团对铀的吸附能为正的问题

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发布时间: 2023-6-10 17:26

正文摘要:

本帖最后由 奶啵啵 于 2023-6-10 18:15 编辑 做了一个磷酸基团对铀的吸附计算pbe0 genecp(对U MWB60) em=gd3bj int=fine opt freq scrf

回复 Reply

奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-14 15:46:01
wzkchem5 发表于 2023-6-14 14:26
吸附结构严重不合理。你设计这样一个配体,显然是为了做多齿配位的,为什么算单齿配位?
另外,除非是在 ...

嗯。。。。感谢您的回复
做这个单齿配位是想和多齿配位进行比较
找了一些文献,大多找的都是像我这样打算实验+计算的,算的很一般,我回去找一些高水平的
谢谢
wzkchem5 发表于 Post on 2023-6-14 14:26:39
奶啵啵 发表于 2023-6-14 02:13
(之前开过一个这个主题的,那个帖子没描述好,out文件也不小心搞丢了,开一个新帖认真描述一下)
主要是 ...

吸附结构严重不合理。你设计这样一个配体,显然是为了做多齿配位的,为什么算单齿配位?
另外,除非是在强酸性条件下做的吸附实验,否则每个和铀配位的磷酸基团应该脱至少一个质子。
建议好好调研有机磷酸和铀酰离子配位的文献,把哪几个氧和铀配位、哪个氧上有质子、哪个氧上没质子搞清楚,一个原子都不要差。而且只看两类文章:(1)实验上表征了配体上的质子个数的工作(没有表征、随手用chemdraw画的结构,或者虽然表征了但是只表征了配体骨架氢、没有表征活泼氢的位置和个数的,不要信);(2)高水平的计算研究。然后再做计算
奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-14 11:02:44
sobereva 发表于 2023-6-14 10:49
依然没完整清楚描述计算
total.gjf里77个原子,其它两个分别3和68个,原子数都对不上

欧克。我挨个解决
sobereva 发表于 Post on 2023-6-14 10:49:43
奶啵啵 发表于 2023-6-14 09:13
(之前开过一个这个主题的,那个帖子没描述好,out文件也不小心搞丢了,开一个新帖认真描述一下)
主要是 ...

依然没完整清楚描述计算
total.gjf里77个原子,其它两个分别3和68个,原子数都对不上

幻灯片贴在这,照着检查和判断,此问题我不再回复了


sobereva 发表于 Post on 2023-6-14 10:38:16
奶啵啵 发表于 2023-6-14 09:13
(之前开过一个这个主题的,那个帖子没描述好,out文件也不小心搞丢了,开一个新帖认真描述一下)
主要是 ...

没描述清楚的在原贴上重新描述,别又发个新帖,扰乱论坛秩序
奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-14 09:13:17

计算磷酸基团对铀的吸附能

(之前开过一个这个主题的,那个帖子没描述好,out文件也不小心搞丢了,开一个新帖认真描述一下)
主要是做磷酸基团对铀的吸附实验。Eb=E{total}-E{metal}-E{sub} sub.gjf (4.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 9) total.gjf (4.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 10) UNEW.gjf (378 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)
在做吸附能计算的时候,一般是看能量基本稳定以后,电子能量进行求差,发现结果总是正值。
想得到吸附能为负值的结果好辅助实验。
附件已上传,对吸附基团使用PBE0和6-31G*,对铀用MWB60.
谢谢大家和各位老师
sobereva 发表于 Post on 2023-6-11 09:52:07
说具体什么物质吸附什么,具体用什么量求差
计算涉及到的所有输入文件都上传,光上传整个体系的gjf没用,谁也不知道你具体怎么算的各个部分
奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-10 18:16:34
sobereva 发表于 2023-6-10 17:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必 ...

输入文件已上传,下次肯定遵守规则
奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-10 18:10:21
sobereva 发表于 2023-6-10 17:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必 ...

好的,我先处理一下
sobereva 发表于 Post on 2023-6-10 17:36:15
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

计算细节完整描述清楚。相关输入文件作为附件上传
奶啵啵 发表于 Post on 2023-6-10 17:28:38
确实想得到负值好说明吸附自发进行。

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