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退火mdp参数设定问题，体系为蛋白质在水中，想请教NVT，NPT和MD的温度和位置限制问题

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killua1

发布时间: 2023-6-12 14:40

正文摘要:

本帖最后由 killua1 于 2023-6-12 23:41 编辑接触gromacs不久，有些困惑麻烦老师解答，谢谢！目的：想通过gromacs模拟一个蛋白和水的体系在低温下（255 K）随时间延长，蛋白发生的变化背景1：mdp文件来 ...

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killua1 发表于 Post on 2023-6-13 20:33:29

sobereva 发表于 2023-6-13 14:02
之前我说过无数遍，很多教程里NPT之前先做NVT都是完全多余的

冰点以下情况用一般的水模型描述不佳，应当 ...

谢谢sob老师！我再仔细学习下

sobereva 发表于 Post on 2023-6-13 14:02:52

之前我说过无数遍，很多教程里NPT之前先做NVT都是完全多余的。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的例子里都没有这多余的过程

冰点以下情况用一般的水模型描述不佳，应当用诸如TIP4P/ice专门适合冰的

RMSD逐渐轻微上升和模拟设置有误问题没必然关系，达到平衡之前适当上升显然是正常的事
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

横坐标标清楚，都不知道是时间还是帧号

跑蛋白质+水体系，先升温再降温绝对不是标准、普适的做法。跑400K毫无意义，不稳定区域的结构都可能给破坏了

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