计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › packmol如何把石墨烯分层模型两侧放置气体分子

packmol如何把石墨烯分层模型两侧放置气体分子

查看数: 1808 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

whq

发布时间: 2023-6-13 13:46

正文摘要:

请问大家如何利用packmol把气体分子放在盒子外面，.inp坐标怎么设定,求大神指教类似图片放置位置，

回复 Reply

thor 发表于 Post on 2023-6-15 16:13:53

Acee 发表于 2023-6-13 16:36
gmx editconf 轻松完成

这工具可以直接指定插入位置？

whq 发表于 Post on 2023-6-14 20:36:01: 提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽

牧生 发表于 Post on 2023-6-14 14:44:20

whq 发表于 2023-6-14 14:09
在Material studio 可以移动吗？

我已经多年不用MS了，忘了。。gview界面也非常非常友好，也能实现鼠标拖动去移动原子或者多个分子，比MS好用多了。但如果总原子数太多，gview会比较卡

whq 发表于 Post on 2023-6-14 14:09:23: 提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽

牧生 发表于 Post on 2023-6-14 13:35:12

本帖最后由牧生于 2023-6-14 13:45 编辑

有个比较蠢，但又很直观的办法。

packmol直接建立气体团簇，不用考虑位置，坐标之类。然后打开vmd，载入气体团簇，载入石墨烯，然后移动某个rep。移动到合适位置后，分别另存石墨烯和气体团簇为pdb格式。然后把其中一个pdb的内容复制到另一个pdb里面就可以了。

whq 发表于 Post on 2023-6-14 12:08:29: 提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽

whq 发表于 Post on 2023-6-14 12:05:12: 提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽

Acee 发表于 Post on 2023-6-13 16:36:42

gmx editconf 轻松完成

sobereva 发表于 Post on 2023-6-13 13:52:48

恰当设置加入的空间范围就完了，该说的都说了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register