计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 为什么VASP在进行NEB粗收敛的时候计算会暂停，vasprun.x ...

为什么VASP在进行NEB粗收敛的时候计算会暂停，vasprun.xml不更新但任务时长仍在增加

查看数: 871 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

WHY2001

发布时间: 2023-6-13 14:16

正文摘要:

neb粗收敛在运行一段时间后，计算终止，vasprun.xml时间不更新。但查询任务队列中，该任务时长仍在增加。计算Ni111表面的CH4脱氢第一步，dist.pl返回值5.0左右，插入了七个点，计算使用56核。 INCAR内容如图 O ...

回复 Reply

we000000 发表于 Post on 2023-6-20 15:54:59

WHY2001 发表于 2023-6-14 09:11
这样是不是初态末态结构没找对，00和08文件夹里除POCAR没有任何文件，这两个分别是07和01文件内的OUTCAR ...

遇到过在运行但是不更新结果，但是没遇到过log文件能十几个G的。。。。

NELM=300属实没必要，但是nebef.pl能出来的结果：(1)SCF收敛了，image的结构过于离谱，数值爆炸；（2）SCF 300步都没收敛，image的结构过于离谱。建议检查下image的结构是不是在合理范围。
另外就是感觉你似乎并不会用VTST做CINEB....现在你这个做法00和08只放POSCAR的话，最后的曲线没有初末态的能量值。

需要花精力好好先了解一下VASP需要用到的东西，当然最省时间就是报个班

WHY2001 发表于 Post on 2023-6-14 10:36:09

好的，非常感谢大佬的建议

wypkdhd 发表于 Post on 2023-6-14 10:26:56

本帖最后由 wypkdhd 于 2023-6-14 10:28 编辑

WHY2001 发表于 2023-6-14 09:11
这样是不是初态末态结构没找对，00和08文件夹里除POCAR没有任何文件，这两个分别是07和01文件内的OUTCAR ...

你这样做是完全错误的neb算法，建议你和导师商量，或者自费去搞个vasp班，我不是商家，我就不推荐了，当然，我个人听过庚子计算那边的课，能解决你这个问题。现在很简单，你的incar里面image数量有几个，相当于你在初态末态中间差了几个点，比如incar里面 image=4 那你建文件夹的时候就是，00里面放初态的outcar和contcar（contcar要改名为POSCAR）；05里面放末态的outcar和contcar（同样改名为POSCAR），然后再使用nebmake.pl插点，插点数量为4。

额外说一句，你进行neb的incar中结构优化参数，必须和你初态末态结构优化参数一致，除了力收敛精度eddiff。

强烈建议你好好学习vasp，报个班，你这样不行。

wypkdhd 发表于 Post on 2023-6-13 21:53:54

运行没问题，pbs也没问题，log文件也很正常，所以我才好奇你的19.54G文件到底是啥。话说你00和08文件夹里面有OUTCAR文件吗？你在neb文件夹下输入nebef.pl看看返回值。顺便输入which mpiexec 和 which ifort 让我看看返回值。

wypkdhd 发表于 Post on 2023-6-13 16:06:04

别的不说，你这个19.54G铁有大问题，大概率是mpi没搞好，log文件里面全都是mpi报错，无限报错。

abin 发表于 Post on 2023-6-13 14:23:21

VASP version?
Compiler version?
MPI version?

If you believed that all are OK,
then post the issue to the vasp official site.

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register