求助构建单硫酸卡那霉素三维结构时遇到的问题

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发布时间: 2023-6-13 21:58

老师您好，我想以单硫酸卡那霉素作为适配体的靶标分子去构建它的三维结构，了解到从PDB文库中可以下载得到卡那霉素的三维结构.pdb文件，但是单硫酸卡那霉素与从PDB文库中得到的卡那霉素三维结构还差一个硫酸分子，我 ...

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HYUAN 发表于 Post on 2023-6-14 13:36:08

sobereva 发表于 2023-6-14 10:59
没必要对初始结构那么上心，动力学跑起来都一样。初始结构别有显著不合理接触这种离谱的地方就行了

好的好的，谢谢Sob老师

sobereva 发表于 Post on 2023-6-14 10:59:08

HYUAN 发表于 2023-6-14 10:54
好的，谢谢老师的更正，我的实验环境是这个：20 mM Tris–HCl,50 mM NaCl,5 mM KCl, and ...

没必要对初始结构那么上心，动力学跑起来都一样。初始结构别有显著不合理接触这种离谱的地方就行了

HYUAN 发表于 Post on 2023-6-14 10:54:19

sobereva 发表于 2023-6-14 10:13
此问题没体现和GROMACS有任何直接联系，发帖时不要选GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

取决于你要获 ...

好的，谢谢老师的更正，我的实验环境是这个：20 mM Tris–HCl,50 mM NaCl,5 mM KCl, and 5 mM MgCl2, pH 8.0
主要是想研究适配体与单硫酸卡那霉素的结合，及其相互作用力。想要在GROMACS中跑一下动力学。所以需要获得单硫酸卡那霉素的三维结构。

sobereva 发表于 Post on 2023-6-14 10:13:13

此问题没体现和GROMACS有任何直接联系，发帖时不要选GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

取决于你要获得什么环境下的结构，以及获得这个结构的实际目的是什么

没有叫“PDB文库”的东西

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