RMSD是对模拟过程中结构变化的一种体现，光从RMSD理解不清楚数值为什么大、为什么小、为什么在某些时刻有显著变化，自然应当去观看轨迹，诸如每隔一定帧数绘制一次叠合在一起考察。

没有具体绘制细节，没法解释你的图。

1）这个数值不常见。大未必意味着有问题，还得看你的参考系等。建议先检查结构、力场等参数；
2）对于较详细的疑题，我认为得把模拟体系与流程描述详细些，包含但不限于：①如何构建体系；②模拟流程；③是什么的RMSD值？针对主链？reference是什么结构？