plumed 如何在固定位置添加虚拟原子跑Metadynamics

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Lir

发布时间: 2023-6-15 16:32

在GROMACS中利用PLUMED做METADYNAMICS需要在盒子的固定位置添加虚拟原子，请问大家是如何添加的，我的Meta.dat这样写一直报错。请问其中一个是虚拟原子可以做MTD吗？另一个是虚拟原子的添加方式我哪里写错了？请各 ...

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Lir 发表于 Post on 2023-6-20 16:34:09

zhitengcheer 发表于 2023-6-17 12:16
1：你这跑50ns然后输出大概80G的文件，是直接用GROMACS和PLUMED进行元动力学吗？具体的输入命令是什么？
...

是直接进行原动力学，我是在超算上进行的

zhitengcheer 发表于 Post on 2023-6-17 12:16:37

1：你这跑50ns然后输出大概80G的文件，是直接用GROMACS和PLUMED进行元动力学吗？具体的输入命令是什么？
还是单纯先GROMACS mdrun再利用PLUMED driver分析？
2：你是否调用了GPU加速？

Lir 发表于 Post on 2023-6-16 17:19:26

zhitengcheer 发表于 2023-6-16 16:35
报错的具体内容是什么？

大佬我把错误贴下面了我想知道你们固定虚原子是怎么写的？谢谢

Lir 发表于 Post on 2023-6-16 17:16:30

zhitengcheer 发表于 2023-6-16 16:35
报错的具体内容是什么？

我这样写是不是不行，是不是要借助
FIT_TO_TEMPLATE来写https://www.plumed.org/doc-v2.8/ ... _e_m_p_l_a_t_e.html

zhitengcheer 发表于 Post on 2023-6-16 16:35:05

报错的具体内容是什么？

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