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GROMACS跑聚合物吸附离子的过程,观察不到离子被吸附

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发布时间: 2023-6-16 15:48

正文摘要:

本帖最后由 wudiazhu 于 2023-6-16 15:50 编辑 各位老师好,我想用GROMACS模拟二价金属离子被聚合物吸附的过程,但随模拟时间的进行观察不到金属离子被吸附,我的金属离子多为过渡金属离子,虽然GROMACS不能描述 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-6-17 16:59:54
wudiazhu 发表于 2023-6-17 16:43
谢谢sob老师,聚合物里没有-COOH,但有-OH,-OH主要来自聚合物结构中苯酚的-OH,但由于实验上对金属离子 ...

本身羟基配位的时候也会促使H+下去。所以这样考虑倒也未尝不可。

更好的做法是用CP2K做AIMD,自然而然能描述这个过程,但能模拟的时间和空间尺度小得多。

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wudiazhu + 3 谢谢sob老师,谢谢建议!

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wudiazhu 发表于 Post on 2023-6-17 16:43:52
sobereva 发表于 2023-6-16 17:47
如果没有诸如COO-这样带负电的基团,不可能把Co2+牢固吸引,因为根本竞争不过氧上带明显负电荷的水对Co2+的 ...

谢谢sob老师,聚合物里没有-COOH,但有-OH,-OH主要来自聚合物结构中苯酚的-OH,但由于实验上对金属离子的吸附通常在酸性条件下进行(碱性条件下金属离子容易沉淀),苯酚的pka在10左右,所以从实际情况来看,体系中 未电离的-OH/电离的-OH 是一个很大的数值,因此我在考虑分子构型的时候没有考虑-OH的去质子化。我现在想我能否在构建聚合物时人为构造多一些-O-的带负电基团?即使这样做之后和实际的-O-浓度不相符合,这样去跑动力学会遭人质疑吗?
萌新杨同学 发表于 Post on 2023-6-17 09:03:22
你可以显示一下Co2+周围3A范围内的水分子,你会发现Co2+有一个Hydration Shell;正如Sob大所说,可能是你聚合物上的负电含氧官能团竞争不过这层水化壳

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wudiazhu + 3 谢谢

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sobereva 发表于 Post on 2023-6-16 17:47:31
如果没有诸如COO-这样带负电的基团,不可能把Co2+牢固吸引,因为根本竞争不过氧上带明显负电荷的水对Co2+的亲和作用

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萌新杨同学 + 5 正解

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wudiazhu 发表于 Post on 2023-6-16 17:21:12
slxc920113 发表于 2023-6-16 16:55
Co2+没有抗衡离子吗?而且你的聚合物本身都因为pi-pi作用聚集在一起了,说明在水溶液中很难溶解。

谢谢答复,是有加抗衡离子的,体系包含了聚合物、20个Co2+、40个氯离子、40000个水分子。聚合物分子确实聚集在一起了,但我想考察的是金属离子吸附在整个聚合物表面的过程,即使聚合物堆积在一起又会有什么影响呢?
slxc920113 发表于 Post on 2023-6-16 16:55:13
Co2+没有抗衡离子吗?而且你的聚合物本身都因为pi-pi作用聚集在一起了,说明在水溶液中很难溶解。

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