计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 寻找羟基自由基进攻硫硫键的过渡态

寻找羟基自由基进攻硫硫键的过渡态

查看数: 2309 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

听风有信

发布时间: 2023-6-16 20:23

正文摘要:

本帖最后由听风有信于 2023-6-17 14:10 编辑寻找羟基自由基进攻硫硫键的过渡态，首先通过扫描让自由基靠近硫原子，找到能量最高的距离，然后以此作为初猜结构寻找过渡态，过渡态成功输出，但是输出结果羟基自 ...

回复 Reply

听风有信 发表于 Post on 2023-6-19 21:47:03

啊不错的飞过海发表于 2023-6-19 01:58
“羟基没有进攻S-S键”是什么意思？
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻；这个是Gau ...

最后那一张图就是过渡态的输出结果

听风有信 发表于 Post on 2023-6-19 21:46:27

啊不错的飞过海发表于 2023-6-19 01:58
“羟基没有进攻S-S键”是什么意思？
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻；这个是Gau ...

我做了过渡态优化了，做完后发现硫硫键没有断裂，硫氧键也没有生成

啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-6-19 01:58:26

“羟基没有进攻S-S键”是什么意思？
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻；这个是GaussView成键判断机制的问题。只要O-S距离是按着设定的步长一步步缩短就是正常运行。
0.05埃步长下能量蹦个10 mHartree也还算正常，过渡态结构就在那附近了。在高点附近缩小步长再扫一扫、或者图省事直接拿最高点那个结构去做过渡态结构优化，八九不离十。

听风有信 发表于 Post on 2023-6-17 20:12:28

wzkchem5 发表于 2023-6-17 17:29
扫描最高点处扫描曲线不平滑，说明你找的扫描坐标不对。
想办法通过改变扫描方向、改变扫描选取的键长等手 ...

好的老师

wzkchem5 发表于 Post on 2023-6-17 17:29:08

扫描最高点处扫描曲线不平滑，说明你找的扫描坐标不对。
想办法通过改变扫描方向、改变扫描选取的键长等手段，让扫描曲线在最高点附近平滑，然后再优化过渡态

听风有信 发表于 Post on 2023-6-17 14:15:02

sobereva 发表于 2023-6-17 11:29
别让别人猜你遇到了什么你所谓的报错

好的老师

sobereva 发表于 Post on 2023-6-17 11:29:13

别让别人猜你遇到了什么你所谓的报错

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register