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求助：如何作出表面活性剂末端基团的SDF

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Jus

发布时间: 2023-6-16 23:35

正文摘要:

本帖最后由 Jus 于 2023-6-16 23:38 编辑各位大佬好，想要得到表面活性剂末端基团的SDF，并如图一样将表活剂和末端基团周围的水化层可视化。尝试过gmx spatial，将中心设置为末端基团，但这样表活剂不会显示，而 ...

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呀芽芽 发表于 Post on 2025-6-6 10:14:07

Jus 发表于 2023-6-17 22:17
非常感谢老师的回复，我做出来的效果是不同isovalue下的图1和图2，我想做出图3老师您这样的平滑且均匀的 ...

你好，我遇到了和你一样的情况，请问你最后怎么解决的啊？

sobereva 发表于 Post on 2023-6-18 11:18:36

Jus 发表于 2023-6-17 22:17
非常感谢老师的回复，我做出来的效果是不同isovalue下的图1和图2，我想做出图3老师您这样的平滑且均匀的 ...

你先检验一下给spatial用的轨迹里是否确实头部一直固定在同一个位置，并且在头部附近始终是有水的充分包裹的。如果能确认这一点，图像太糙就是格点间距太大，以及帧数不够多所致。我的ppt里那个例子用了50000帧

gmx spatial产生sdf时没有考虑平滑化过程，这导致得到比较光滑的图像需要的帧数非常多。用VMD的volmap产生sdf时可以用Gaussian函数平滑化，这样用较少的帧数得到的图像质量就能比较满意。参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

sobereva 发表于 Post on 2023-6-17 11:32:01

可能性很多
诸如没有处理轨迹消除头部基团的平动转动、采样不足
头部基团没显示纯粹是VMD等可视化程序里的设置问题，跟gmx spatial毫无联系

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