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求助:如何判断结构优化结果的正确性

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发布时间: 2023-6-18 11:24

正文摘要:

本帖最后由 Mr.zhen 于 2023-6-18 19:08 编辑 近期在对一个有机分子进行结构优化时,发现在同一基组与泛函下,因gjf结构不同,会导致结构优化的最终结构也不一样,且振动也都没有虚频,能量也比较接近,如下图。 ...

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啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-6-19 01:48:20
这就是俩局部极小值啊,没什么不能用的。
过渡态搜索之类后续构象相关计算的结果有效性是个化学问题,取决于你想研究的是什么反应,这个充其量是个初猜。
sobereva 发表于 Post on 2023-6-18 12:31:57
分清楚gjf和gif

老生常谈的问题,做量化计算的人一定要有构象搜索的概念,看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

研究中只考虑一个构象的时候,通常用自由能最低那个构象。但也可能需要涉及其它的,诸如发生某种反应的构象可能未必是自由能最低的那个。

还有很多问题的研究需要考虑构象权重平均,下文都涉及到了
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

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