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求助在显式溶剂模型下如何正确搜索过渡态

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我静静等待

发布时间: 2023-6-21 15:53

正文摘要:

最近尝试使用恒电势法结合显式溶剂模型，计算酸性条件下，硝酸还原的自由能和反应能垒。以反应NO*+H+ +e- →NHO* 这一步为例，首先构建了NHO*(30个水+H2O+slab)，构建方法是利用AIMD跑了3000步，挑选了其中几帧然后 ...

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我静静等待 发表于 Post on 2023-6-29 00:38:18

yxzinc 发表于 2023-6-25 17:02
直接使用基于AIMD的计算方法啊，去了解一下Constrained molecular dynamics、Slow-growth approach
这个反 ...

非常谢谢您回复我的问题，当初确实考虑过使用受限分子动力学结合热力学积分的方法研究这个课题，但是由于时间有限，课题组在这方面也没有太多基础，所以我更多的是参考The Journal of Physical Chemistry Letters 2021 12 (29), 6988-6995这篇文章使用传统的过渡态方法寻找反应的过渡态。

yxzinc 发表于 Post on 2023-6-25 17:02:46

本帖最后由 yxzinc 于 2023-6-25 17:10 编辑

直接使用基于AIMD的计算方法啊，去了解一下Constrained molecular dynamics、Slow-growth approach
这个反应用这种方法已经有人做过了：Nat Commun 13, 5471 (2022)

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