水分子层的厚度会影响qm/mm PES的能垒结果吗

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llh

发布时间: 2023-6-21 17:26

在做一个酶体系的时候，选了两个结构（相似）做去酰化阶段，选了3个wat 纳入qm区，但保留的水分子层的厚度不同。结果：预期反应更快的（水分子层3.5埃，但结构更合理一些）能垒却达40Kcal, 水分子层 ...

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llh 发表于 Post on 2023-6-21 22:07:44

Huschein 发表于 2023-6-21 18:28
用QMMM方法直接计算能垒吗，那感觉很受QMMM区划分的影响，算能垒的话建议还是做成簇模型优化后计算，更加精 ...

做了优化，就是优化之后的结构稍有差异，但在用反应坐标驱动法做势能面扫描算能量出现了差异很大的结果

sobereva 发表于 Post on 2023-6-21 21:45:57

没具体结构图很难说
哪怕水层厚度相同，显式水分子层的排布就可能对算出来的势垒产生影响。如果没有确切的水参与反应的证据，用更简单省事的隐式水模型反倒可能更好，自然而然就考虑了溶剂的平均化的效应

Huschein 发表于 Post on 2023-6-21 18:28:47

用QMMM方法直接计算能垒吗，那感觉很受QMMM区划分的影响，算能垒的话建议还是做成簇模型优化后计算，更加精准吧

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