sobereva 发表于 2023-6-23 15:54 谢谢sob老师的解答 |
Weldingspock 发表于 2023-6-23 15:45 不用管什么影响slab底部,slab底部又不是关心的 如果说担心slab底部影响上方的水,把水层弄厚些 把slab挪到中间,只冻结slab内部部分的原子也行,此时水层需要更厚。这样相当于研究两个相同的界面,可以减小属性的统计误差,也可以视为在同样模拟时间内能增加一倍采样 |
sobereva 发表于 2023-6-23 15:22 谢谢老师,我看了一下MT下不加偶极矫正可能会极大增加我这个体系的模拟时间,而且增加真空层的厚度做AIMD模拟的时候,水分子应该会全部跑到上方的真空层中。所以想问一下还有什么方法能够避免上方的水分子影响slab底部呢: (1)现有的体系固定底部的slab原子,考虑XYZ周期性,但是不太清楚不固定的水分子会对固定的原子造成什么影响 (2) 把slab放到盒子中间,上下都加水 哪种更好一些呢 |
1 可以XY方向周期性结合PSOLVER MT,这样可以避免上层的水与周期镜像的slab底部的相互作用。但此时需要Z方向的盒子尺寸是现在的两倍以上,耗时也增加很多。 2 不 |
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