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莫比乌斯分子ACID的磁场方向矢量-b应该如何设置?

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发布时间: 2023-6-24 21:55

正文摘要:

请问对于莫比乌斯环状或者figure of eight 构型的分子,计算ACID,应该如何选取平面,对于ACID程序中的磁场方向矢量-b应该如何设置?谢谢。

回复 Reply

乐平 发表于 Post on 2023-6-30 19:29:32
936347873 发表于 2023-6-30 09:09
通过-a 选择三个原子构成一个平面,-b(0 0 1)就会垂直这个平面的意思吗

你试试就知道了
936347873 发表于 Post on 2023-6-30 09:09:59
乐平 发表于 2023-6-25 23:29
目前应该还是 3.0.4 版,可以在环状分子中选三个不共线的原子,构成平面。

对应的选项是  -a

通过-a 选择三个原子构成一个平面,-b(0 0 1)就会垂直这个平面的意思吗
乐平 发表于 Post on 2023-6-26 17:01:36
QuantumicGuy 发表于 2023-6-26 14:56
AICD程序可以多核并行吗,好像默认是1 cpu

印象中不支持多核并行。不过也还好,AICD 本身计算不太耗时间,耗时间的是前面的 Gaussian 计算。
QuantumicGuy 发表于 Post on 2023-6-26 14:56:43
乐平 发表于 2023-6-26 11:39
根据原子的顺序,右手螺旋法则,大拇指的方向朝上。你只需要 -b (0,0,1) 就可以。如果反向,-b (0,0,-1)

AICD程序可以多核并行吗,好像默认是1 cpu
乐平 发表于 Post on 2023-6-26 11:39:28
QuantumicGuy 发表于 2023-6-26 10:52
-a 选三个原子构成一个平面后,平面有两个相反法向量,怎么确定这个磁场矢量的方向呢

根据原子的顺序,右手螺旋法则,大拇指的方向朝上。你只需要 -b (0,0,1) 就可以。如果反向,-b (0,0,-1)
QuantumicGuy 发表于 Post on 2023-6-26 10:52:52
乐平 发表于 2023-6-25 23:29
目前应该还是 3.0.4 版,可以在环状分子中选三个不共线的原子,构成平面。

对应的选项是  -a

-a 选三个原子构成一个平面后,平面有两个相反法向量,怎么确定这个磁场矢量的方向呢
乐平 发表于 Post on 2023-6-25 23:29:18
本帖最后由 乐平 于 2023-6-25 23:30 编辑

目前应该还是 3.0.4 版,可以在环状分子中选三个不共线的原子,构成平面。

对应的选项是  -a

       -a PARAMETER, --atoms PARAMETER
              Choose three atoms that define the plane on which the viewer looks.

-a 后面的参数是你研究的分子中原子的编号。选三个不共线的原子构成平面,用空格分开它们的编号。例如

  1. AICD -a 5 12 66
复制代码


然后,-b 似乎是自动根据你选的平面去匹配了,你只需要用 (0,0,1) 就可以。

更多选项可以用 -AICD --help  命令来查看

当然,也可以看我之前的帖子里列出的功能选项。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 197171&fromuid=1532
乐平 发表于 Post on 2023-6-25 23:13:18
snljty2 发表于 2023-6-25 22:48
那叫AICD(Anisotropy of the Induced Current Density),不叫ACID,acid是酸。

其实作者本人的文章标题写的就是 ACID……

Anisotropy of the Induced Current Density (ACID)​, a General Method To Quantify and Visualize Electronic Delocalization
D. Geuenich, K. Hess, F. Koehler, R. Herges, Chem. Rev. 2005, 105, 3758-3772.


snljty2 发表于 Post on 2023-6-25 22:48:36
那叫AICD(Anisotropy of the Induced Current Density),不叫ACID,acid是酸。
sobereva 发表于 Post on 2023-6-25 04:10:20
如果是第一个结构,用下文的功能可以给你拟合出一个平面,按法向量加磁场
使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity)
http://sobereva.com/618http://bbs.keinsci.com/thread-25272-1-1.html

对第二个结构,本身就没有唯一加磁场的方式,可以讨论环电流随磁场方向的变化

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