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低共熔溶剂萃取聚酯单体染料脱色模拟结果与实验结果有较大差别的问题

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tym1999

发布时间: 2023-6-25 11:24

正文摘要:

利用gromacs模拟低共熔溶剂（DES)萃取聚酯单体染料脱色的过程，模拟中染料模型物为分散蓝56（DB56)，聚酯单体模型物为BHET，DB56和BHET都溶于乙二醇（EG)和水的混合溶液中，实际的实验结果表明低共熔溶剂能够很好的 ...

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slxc920113 发表于 Post on 2023-6-26 23:29:48

tym1999 发表于 2023-6-26 11:33
老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

怕麻烦的话，可以试试AuToFF生成拓扑文件，https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom，电荷再手动更改成你自己自己用RESP方法计算的。

sobereva 发表于 Post on 2023-6-26 21:53:17

tym1999 发表于 2023-6-26 11:33
老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

把ambertools里自带的gaff2.dat里的参数替换到LJ_param.dat和bonded_param.dat里

tym1999 发表于 Post on 2023-6-26 11:33:45

sobereva 发表于 2023-6-26 04:52
光说RESP电荷不具体，不同理论方法下、不同溶剂考虑下，得到的结果甚至可能相差百分之几十，可能令某分子对 ...

老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

sobereva 发表于 Post on 2023-6-26 04:52:00

光说RESP电荷不具体，不同理论方法下、不同溶剂考虑下，得到的结果甚至可能相差百分之几十，可能令某分子对极性相和非极性相的相对亲和程度有极大差异。
mdp没明显问题

除原子电荷外，尝试用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件再试，如果也一样，让sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件再试

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