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VASP优化布洛芬分子一直跑散架,有没有老师帮忙看看,感谢

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发布时间: 2023-6-25 17:26

正文摘要:

vasp优化布洛芬分子一直跑散架,有没有老师能帮忙看看是哪里出问题

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jxywanone77 发表于 Post on 2023-6-26 08:39:12
乐平 发表于 2023-6-25 22:38
如果虚线框是“晶胞”(模拟盒子)的话,你的“晶胞”(模拟盒子)小了,具体而言是左右“窄了”。

在使 ...

明白了,谢谢老师~
乐平 发表于 Post on 2023-6-25 22:38:32
如果虚线框是“晶胞”(模拟盒子)的话,你的“晶胞”(模拟盒子)小了,具体而言是左右“窄了”。

在使用 VASP, Quantum Espresso, CP2K 等等这类基于周期性边界条件的计算软件的时候,要始终牢记模拟的体系是在空间中无限延伸的。也就是说,不要仅仅只看到你眼前显示的分子,而要把它相邻的(左右,前后,上下)分子都考虑进来。

你可以用可视化软件“扩胞”看看,测量一下左右两边最近的两个原子间的距离。你目前的模型一定是小于2 A 的,也就意味着相邻两个“晶胞”或者叫“盒子”里的分子是有较强的相互作用的。于是,它们之间在计算过程中就有可能“发生反应”,导致结构分解。

所以,你需要将你的模拟盒子(“晶胞”)增大,尤其是目前截图里的左右两边增大。

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