在能量最小化时提示有原子折叠，求助怎样解决原子重叠问题

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发布时间: 2023-6-25 21:14

本帖最后由呀芽芽于 2023-6-26 16:27 编辑各位老师们好，我做的是水-油界面加表面活性剂体系，前面的处理步骤是用Gaussian 09软件在B3LYP,6-31g(d)水平上进行优化，然后通过Antechamber和Gaussi ...

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KanbeKotori 发表于 Post on 2025-7-1 15:33:46

新仔发表于 2025-6-30 20:01
您好我出现的问题跟您一样都是能量最小化没有成功后出现能量太高无法进行这步操作请问您解决了吗 ...

新仔 发表于 Post on 2025-6-30 20:01:30

jiangyan 发表于 2024-5-25 18:28
请问你得问题解决了嘛，我也在做一个油水体系，步骤和你的差不多，也是用packmol搭建的盒子，我的进行最 ...

您好我出现的问题跟您一样都是能量最小化没有成功后出现能量太高无法进行这步操作请问您解决了吗？麻烦您在百忙中回复

zfy524 发表于 Post on 2024-7-4 22:29:20

老师你好，可以看一下你packmol的inp文件吗

jiangyan 发表于 Post on 2024-5-25 18:28:41

本帖最后由 jiangyan 于 2024-5-25 18:30 编辑

呀芽芽发表于 2023-6-26 16:28
谢谢老师的回复。我会仔细研读那篇文章的。我重新上传了itp文件，可以麻烦您看一下itp文件有问题吗？我没 ...

请问你得问题解决了嘛，我也在做一个油水体系，步骤和你的差不多，也是用packmol搭建的盒子，我的进行最小化后的报错如图所示，请问我应该怎么解决呢C:\Users\MagicBook\Desktop\Co

微信图片_20240525182742.png (38.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

这是我的报错原因，显示了重叠，但是我看了我的用packmol生成的原始结构文件，分子数量太大，我看不出来时 ...

呀芽芽 发表于 Post on 2023-6-26 16:28:41

sobereva 发表于 2023-6-26 04:20
没itp文件没法说

提示里没说只可能是原子重叠造成的。倘若你用packmol在默认设置下产生结构文件，根本不 ...

谢谢老师的回复。我会仔细研读那篇文章的。我重新上传了itp文件，可以麻烦您看一下itp文件有问题吗？我没有看出哪儿有问题。

sobereva 发表于 Post on 2023-6-26 04:20:54

没itp文件没法说

提示里没说只可能是原子重叠造成的。倘若你用packmol在默认设置下产生结构文件，根本不可能有非常近距离接触。

拓扑文件有问题、mdp有问题等都可能造成能量高得离谱，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8试图弄清楚原因

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