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求助:固定原子的结构采用CINEB搜索过渡态收敛情况是否合理及计算效率问题

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发布时间: 2023-6-28 10:28

正文摘要:

本帖最后由 wangyuxin 于 2023-6-30 11:37 编辑 各位老师好,我在计算过渡态采用的是vtst的CINEB方法,附件压缩包中是计算所采用的结构和INCAR以及目前的收敛情况。第一次进行过渡态计算,目前遇到3个问题。 我 ...

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挨打祥 发表于 Post on 2023-7-4 11:41:19
sobereva 发表于 2023-7-2 11:21
绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭 ...

好的,谢谢老师的悉心解答。
sobereva 发表于 Post on 2023-7-2 11:21:12
挨打祥 发表于 2023-7-1 10:05
老师,cutoff是我们按官网测试的,结果如下,EPS_SCF是1.0E-07,所以选的800 70,现在是减小到哪个合适呢 ...

绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭配600/55足矣
挨打祥 发表于 Post on 2023-7-1 10:05:52
sobereva 发表于 2023-7-1 06:55
CP2K装的有问题
另外,基组和CUTOFF没必要那么大,smearing开得也完全多余

老师,cutoff是我们按官网测试的,结果如下,EPS_SCF是1.0E-07,所以选的800 70,现在是减小到哪个合适呢。
基组的话改为更小的就是DZVP,smearing因为不是金属体系所以可以关闭,然后我们再重新编译下。
cutoff(Ry)        TE(Ha)                     1                    2                      3            4                   5             Δ              time/min
400        -3472.925564800         816352        520176        457564        297980        2520                
450        -3472.919473868         776104        559164        458824        297980        2520         -6.09E-03       
500        -3472.917760486         700016        526084        501660        316668        50164         -1.71E-03       
550        -3472.916740313         779904        729252        670524        363288        53944         -1.02E-03       
600        -3472.916452970         755808        740820        681372        304248        114664         -2.87E-04        13
650        -3472.916104685         708000        733300        613372        427576        114664         -3.48E-04        15
700        -3472.916102533         708000        733300        576236        440516        138860         -2.15E-06        15
750        -3472.916003888         671760        742172        603604        440516        138860         -9.86E-05        18
800        -3472.915990429         671760        681796        573620        530876        138860         -1.35E-05        20
850        -3472.915990879         671760        627956        586604        571732        138860         4.50E-07        20
900        -3472.915991414         647856        638664        599800        571732        138860         5.35E-07        22
rell_cutoff(Ry)        TE(Ha)        1        2        3        4        5                 time/min
50        -3472.915992648         436712        775240        608312        484836        291812                19
60        -3472.915990879         671760        627956        586604        571732        138860         -1.77E-06        20
70        -3472.915990385         708000        707612        601924        440516        138860        -4.94E-07        20
80        -3472.915990378         708000        762548        668932        342768        114664        -6.65E-09        21
sobereva 发表于 Post on 2023-7-1 06:55:01
wangyuxin 发表于 2023-6-30 11:34
老师,我们看了您的回答决定改用CP2K,首先要进行晶胞优化,但是任务算了2离子步任务就停止了,是我们输 ...

CP2K装的有问题
另外,基组和CUTOFF没必要那么大,smearing开得也完全多余
wangyuxin 发表于 Post on 2023-6-30 11:34:37
sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下,CP2K至多一天就搞完

老师,我们看了您的回答决定改用CP2K,首先要进行晶胞优化,但是任务算了2离子步任务就停止了,是我们输入文件设置有问题,还是服务器运存不足导致任务停止,帖子前面新编辑添加了输入文件和输出文件最后几行的图片,希望老师能指导一下。
wangyuxin 发表于 Post on 2023-6-30 09:55:30
sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下,CP2K至多一天就搞完


好的,感谢sob老师,那我去尝试一下CP2K
sobereva 发表于 Post on 2023-6-29 23:39:23
wangyuxin 发表于 2023-6-29 09:51
谢谢sob老师,那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话,那现在 ...

我不用VASP
设置得当的情况下,CP2K至多一天就搞完
wangyuxin 发表于 Post on 2023-6-29 09:51:54
sobereva 发表于 2023-6-29 07:42
你这个体系用CP2K跑实在太适合了,比VASP快太多了...

谢谢sob老师,那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话,那现在我的设置还有没有可以提高计算效率的优化空间
如果用CP2K的话,我使用的单节点48核服务器,目前这个体系大概需要多久可以收敛呢
sobereva 发表于 Post on 2023-6-29 07:42:20
你这个体系用CP2K跑实在太适合了,比VASP快太多了...

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