sobereva 发表于 2024-9-18 17:14 了解了，谢谢sob老师 |
WQJ 发表于 2024-9-18 15:04 扫描绝对不是得到过渡态、势垒的方法，只能帮助你获得一个找过渡态合适的初猜结构 用Gaussian直接去找过渡态再算势垒 |
sobereva 发表于 2023-6-29 07:35 sob老师您好，您说的这种基于dft计算得到势垒的方法是否可以通过Gaussian软件进行刚性扫描质子与提供质子的分子和接受质子的分子间的距离得到？即对于固定的接收质子的分子和提供质子的分子间的距离，在两分子间放置一个质子并移动做刚性扫描，得到对应的供体和受体间距下的质子转移势垒。还是说考虑到质子转移过程中供体和受体结构的变化需要做柔性扫描？ |
sobereva 发表于 2023-6-29 07:35 好的多谢老师指点，我去研究一下 |
一种是跑MD，一种是用静态角度研究，通过CP2K等程序基于DFT做CI-NEB计算，得到迁移轨迹和势垒，比如北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）示例的下图这样。两种手段是互补的。相对于力场跑MD，DFT得到的势垒会更精确，并且可以给出代表性的迁移路径（能量极小路径）
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h840473807 发表于 2023-6-28 20:02 老师，可否再指点下，怎么通过计算来表现出Grotthuss机制呢？过渡态搜索？算些什么呢？还是通过离子迁移率侧面体现呢？ |
wangs 发表于 2023-6-28 18:41 对于锂离子没问题 |
h840473807 发表于 2023-6-28 16:28 老师，想再请问下老师，您知道Grotthuss质子传导机制吗？我们导师想结合Grotthuss机制来阐述锂离子在纳米通道中的机理，能否用计算的形式来说明Grotthuss机制呢？ |
h840473807 发表于 2023-6-28 16:28 好的多谢老师解答，我去研究一下 |
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本帖最后由 h840473807 于 2023-6-28 16:33 编辑 这个可以加上电解液跑经典MD，通过模拟轨迹研究锂离子迁移速率。用Gromacs就可以 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acsenergylett.3c00385。最近发的一篇文章，研究了一个水系锌电在活性隔膜中的迁移，供参考。 |
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